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求教scaffold排序问题

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发表于 2018-3-5 20:28:06 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老哥老姐,测序出来的基因组连成了scaffold,目前想尝试连成染色体,该物种没有发表连成染色体版本的基因组,就涉及到了排序的问题,老师的想法是想比对到同科有染色体水平基因组上,取一个scaffold连续比对到同一染色体上的情况,认为这段scaffold对应到该染色体的相应位置,以此排列出一个大致的scaffold的顺序
但是有问题:
1. 虽然同科,但是2个物种,连染色体数目都不一致,这样排出来的顺序有意义么
2. 同一个scaffold在不同的染色体都有连续比对到的情况,这种情况怎么处理
我找了云南黑山羊基因组的论文,是山羊利用牛组成了染色体,但是那个组成了super_scaffold N50 16.4M ,我们的是植物的,N50 5.3M,N90 0.87M,能够模仿么,并且论文说的不是很清楚,有点忐忑,有没有做过相关内容的老哥老姐们给个指导 , 谢谢各位!~



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