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Illumina HumanMethylation BeadChip基础入门

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发表于 2018-3-5 22:21:01 | 显示全部楼层 |阅读模式
作业一
最近刚好要接触甲基化,看到有作业就顺着学习一下,打卡。
作业:安装好R软件及相应的包,下载R包(ChAMP,minfi和wateRmelon)的说明书,整理它们的官网链接。了解illumina 450K甲基化芯片的探针设计,下载manifest文件。在这里我下载的ChAMP
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ChAMP")
library(ChAMP)

甲基化芯片基本知识以及分析注意点
1.甲基化目前研究最多的就是Cytosine methylation (5-mC)胞嘧啶,450k甲基化包含485,512个探针,覆盖了99% 的RefSeq genes,探针整合了19,755特定的CpG islands 和3091个非CpG islands ,对于每个probe序列,大约有14个beads随机分布。2.450k有两种Infinium I probe chemistry(包含two beads per probe)和Infinium II assay only uses one bead per probe in the red or green channel representing methylated or unmethylated respectively.造成type II bias。原始文件是IDAT文件,3.需要矫正:Probe filtering(SNPs以及性染色体)SNP位点附近的CpG位点会不稳定,within-array normalisation(归一化):背景矫正,染料归一化矫正,type II bias和batch 效应。4.常见术语CpG island:定义为>500bp,55%GC和expected/observed CpG ratio of >0.65.有40%的基因promoters都包含CpG岛,CpG shelves:离CpG island大约4kbCpG shores:离CpG岛大概2kb,大约>75%的组织特异性的甲基化区域发现在此区域,在shore的甲基化区域相较于CpG island与基因表达更加相关Differentially methylated regions (DMR)Enhancer:增强子,经常被甲基化调控Hypermethylation:Euchromatin and active gene promoters都是低甲基化的Beta value:通常的甲基化衡量方法被称为“Beta”值; 等于甲基化百分比,并定义为“Meth”除以“Meth + Unmeth”。CGI:CpG island 即甲基化岛

数据分析流程ChAMP
中文参考资料:http://blog.csdn.net/joshua_hit/article/details/54982018  Bioconductor上有官方说明文档,输入ChAMP和Bioconductor就可以搜到了。1.质量控制:champ.load   champ.QC   champ.norm   champ.svd   champ.runCombat   champ.refbase champ.input 2.数据分析: champ.DMP(差异化CpG位点)   champ.DMR(差异化CpG区域)   champ.Block(更大范围的差异化region区域)   champ.Epimod(EpiMod是基于基因作用网络的差异化分析)    reffree(RefFree代表细胞差异被修正过后再找的DMP)3.可视化:DMR.GUI DMP.GUI Block.GUI CPG.GUI QC.GUI
manifest文档
作业给的数据连接,上GEO既可以得到illumina 450K甲基化芯片的manifest文件,可以看到其中包含了探针名,染色体位置,Infinium I/Ⅱ probe,颜色channel,基因名, shores/shelves等。疑问:在用ChAMP分析过程中没有看到探针对应基因这块,那么得到DMP文件后是否可以手动用merge注释呢?那DMR和BLOCK如何得知包含哪些信息呢?



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