搜索
查看: 2122|回复: 1

[signal-pathway] 关于clusterprofiler使用的一些问题

[复制链接]

13

主题

44

帖子

522

积分

高级会员

Rank: 4

积分
522
发表于 2018-3-14 10:29:14 | 显示全部楼层 |阅读模式
在做GO富集分析的时候,文档中提到如下代码:
ego <- enrichGO(gene = gene,
                universe = names(geneList),
                OrgDb = org.Hs.eg.db,
                ont = "CC",
                pAdjustMethod = "BH",
                pvalueCutoff = 0.01,
                qvalueCutoff = 0.05,
                readable = TRUE)

对于universe = names(geneList)这一行代码有些疑惑,看了下说明文档,是背景基因集,我不太懂这个背景基因集是什么,我之前以为就是基因组(人)的全部基因,但是OrgDb = org.Hs.eg.db就是全部基因吧。

我做GO分析的200多个基因主要是从外显子测序中获得的,从中通过某些方法筛选出来的一小部分基因,那么对于我的这个数据,背景基因集是什么呢,原始的注释文件中的全部基因?还是什么?
回复

使用道具 举报

12

主题

28

帖子

805

积分

高级会员

Rank: 4

积分
805
发表于 2018-3-14 22:36:15 | 显示全部楼层
Welcome to my blog: http://bioinfostar.com
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-8-24 22:27 , Processed in 0.042415 second(s), 23 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.