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[other] protein coding gene及其上下2kb范围内平均DNA甲基化水平图怎么画

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发表于 2018-3-22 17:47:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
用bismark统计注释后得到甲基化率的列表:

chr     start   end     ratio   Annotation
Chr1    18200   18399   0.2808  Intergenic
Chr1    77400   77599   0.2479  TTS
Chr1    239000  239199  0.195   TTS
Chr1    240800  240999  0.1064  intron
Chr1    512800  512999  0.2571  TTS
Chr1    549600  549799  0.1854  TTS
Chr1    550600  550799  0.197   Intergenic
Chr1    587800  587999  0.3333  promoter-TSS
Chr1    759800  759999  0.2416  Intergenic
Chr1    784800  784999  0.115   TTS
Chr1    785200  785399  0.2741  Intergenic
Chr1    792000  792199  0.1709  TTS
Chr1    1195000 1195199 0.4669  intron
Chr1    1250400 1250599 0.1855  Intergenic
Chr1    1276400 1276599 0.3587  Intergenic
Chr1    1443400 1443599 0.2309  Intergenic


...
请教各位大神,想画protein coding gene及其上下2kb范围内平均DNA甲基化水平图,用R怎么画




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发表于 2018-3-26 09:04:37 | 显示全部楼层
赞一个,请问一下你这个统计表是哪个文件啊?后面还有注释,是用了什么参数吗
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 楼主| 发表于 2018-3-26 11:35:16 | 显示全部楼层
生信小小菜鸟 发表于 2018-3-26 09:04
赞一个,请问一下你这个统计表是哪个文件啊?后面还有注释,是用了什么参数吗 ...

不是,是自己用gff注释的
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发表于 2018-3-26 21:26:08 | 显示全部楼层
secretofshadow 发表于 2018-3-26 11:35
不是,是自己用gff注释的

你是用什么软件?还是脚本?
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 楼主| 发表于 2018-4-20 11:34:09 | 显示全部楼层
生信小小菜鸟 发表于 2018-3-26 21:26
你是用什么软件?还是脚本?

http://www.bio-info-trainee.com/1773.html 这有一个教程,虽然是给chipseq注释的,但是提交的是bed位置文件,甲基化啥的应该都可以注释,这个网站调用的是HOMER  ,所以可以直接用HOMER 做
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