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[network-analysis] GSEA

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发表于 2018-4-5 21:26:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
用什么类型的RNA-seq表达谱进行GSEA分析?FPKM? TPM? counts?counts用VOOM标准化后行不行?
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发表于 2018-4-7 12:25:49 | 显示全部楼层
FPKM,TPM都行
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发表于 2018-4-10 09:30:35 | 显示全部楼层
自己先计算好logFC,然后score之后排序好,进入GSEA更好
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 楼主| 发表于 2018-4-12 10:26:16 | 显示全部楼层

好的,谢谢
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 楼主| 发表于 2018-4-12 10:27:22 | 显示全部楼层
ydchen 发表于 2018-4-10 09:30
自己先计算好logFC,然后score之后排序好,进入GSEA更好

具体不懂如何操作
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发表于 2018-5-13 23:38:36 | 显示全部楼层
驴与风 发表于 2018-4-12 10:27
具体不懂如何操作

有点类似于ssGSEA哦
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 楼主| 发表于 2018-5-24 01:19:10 | 显示全部楼层
ydchen 发表于 2018-5-13 23:38
有点类似于ssGSEA哦

又说了另外一个我不懂的信息,谢谢,我看看
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