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有偿求助:多组学的方法来指导构建目标菌株

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发表于 2018-4-8 16:34:53 | 显示全部楼层 |阅读模式

背景介绍
现在有一株工业生产的常用菌株,最终目的是基于多组学的方法来指导构建目标菌株,提高菌株的生产性能。在基于多组学方法和指导构建方面,最初的设计如下:
1、对此工业菌株(真菌,基因组50MB),进行二代结合三代的全基因组测序。
2、根据测得的全基因组报告,进行基于全基因组规模的代谢模型分析(GSMM, Genome-scale metabolic model)。
3、根据GSMM模型结果,同时并行比较同类菌株(模式菌株的基因组数据和GSMM模型),最后找出该工业菌株高产某产物的关键代谢结点(即关键基因)。
4、之后就是对这些关键基因,进行分子克隆等等手段,获得新菌株。

问题1

只做全基因组测序和GSMM分析,来获得需要构建的关键基因。是否足够
不够的话,需要做转录组,蛋白组和代谢组分析吗,包括结合工业生产过程中的发酵条件(培养物,发酵条件等)调控,通过这些方面的印证从而来获得需要构建的关键基因。需要这样做吗,理由是什么
如果你能解决以上问题,那么你就是我们要找的有综合应用这些方法来改造工业菌株的经验丰富的专家。请发邮件到7076662@qq.com 进一步沟通指导,交流合作或提供设计方案。
另外需要有GSMM分析和基因突变比对分析能力突出的人合作,也请发邮件到7076662@qq.com
问题2

1、能否通过分析全基因组及发酵过程中的关键酶系活性、关键代谢物和营养物的基础上,提出该工业菌株生产某产物的代谢模型并用于实际生产上发酵调控的理论指导。(关于基本的发酵条件优化,不是本题需求范围。)
2、鉴于以上这些需求和问题,应该如何设计解析方案并委托哪些公司做相应的检测
如果你对这个问题也有自己的解决方案的话,请发邮件到7076662@qq.com 进一步沟通指导。
当然这两个问题都是一个工厂的实际需求,如何你能解决这些问题的话,欢迎发邮件到7076662@qq.com, 让我们帮助你实现知识变现




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