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先问高手一个Illumina HumanMethylation27 BeadChip 甲基化芯片的问题

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发表于 2018-4-8 23:20:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
我现在处理GEO数据库里的GSE42042,地址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi? 它是illumina公司的Illumina HumanMethylation27 BeadChip (HumanMethylation27_270596_v.1.2)甲基化芯片。
在Supplementary file 里有三个文件:(1)GSE42042_GSE31600_matrix_signal_intensities_controls.txt.gz;(2)GSE42042_RAW.tar;(3)GSE42042_signal_intensities_experimental.txt.gz。这三个文件我放在附件里。
      我的问题是用R处理,输入那个文件,我解压后发现GSE42042_RAW.tar是注释文件,GSE42042_GSE31600_matrix_signal_intensities_controls.txt.gz是对照组的数据吗?GSE42042_signal_intensities_experimental.txt.gz是疾病组的数据?两个文件我需要分开处理吗?
     现在都是处理450K的流程,有谁能告诉我27k的流程,或者学习资源,谢谢



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发表于 2018-4-10 09:31:01 | 显示全部楼层
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