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WES的覆盖度和测序深度怎么算

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发表于 2018-4-16 16:44:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
请教一下,现在手上有WES的测序数据,已经做了align,并且转成了bam格式,现在想要知道这批数据在外显子上的覆盖度以及测序深度,接下来应该怎么做呢?有什么软件可以办到吗?



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发表于 2018-4-17 13:56:11 | 显示全部楼层
bedtools
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 楼主| 发表于 2018-4-18 10:55:54 | 显示全部楼层

你好,我安装了bedtools,但是不太明白该怎么办,有几个问题想请教:
1、bedtools genomecov和bedtools coverage有什么区别吗,我该用哪一个呢
2、我想知道的是测得的WES数据在外显子上的覆盖度和深度,是应该用公司的bed文件,还是应该去UCSC下载外显子组的bed文件呢?或者说是下载全基因组的坐标文件?
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发表于 昨天 18:46 | 显示全部楼层
在外显子上的覆盖度以及测序深度 建议用 qualimap软件,最后得到的分析结果用 multiqc 可视化一下,看群主的教程就明白了
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