搜索
12
返回列表 发新帖
楼主: xiao7462

cnvnator安装求助

[复制链接]

1

主题

14

帖子

96

积分

注册会员

Rank: 2

积分
96
发表于 2019-7-18 11:40:35 | 显示全部楼层
徐徐徐旭旭 发表于 2019-6-29 21:41
我想问下bin size是如何选的呢?

bin size是根据测序深度来判断的。先用100,200这样的值来测试,完成 -his和-stat步骤,再用-eval 命令,会输出RD比率,软件开发作者建议这个比率最好在4~5之间。根据比率来调整 bin size,如果比率值太小,就调高bin size。
回复 支持 反对

使用道具 举报

2

主题

10

帖子

188

积分

注册会员

Rank: 2

积分
188
发表于 2019-9-24 09:49:59 | 显示全部楼层
Chris_J 发表于 2019-7-18 11:40
bin size是根据测序深度来判断的。先用100,200这样的值来测试,完成 -his和-stat步骤,再用-eval 命令, ...

现在才看到。样本深度不是很高,只有7X左右。怎么调bin size都到不了4-5之间,除非bin size设置很大,到几千bp,这样得到的区间太大,感觉也不准。
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-10-20 07:22 , Processed in 0.036171 second(s), 21 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.