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Datadryad数据库推荐

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发表于 2018-4-27 09:21:53 | 显示全部楼层 |阅读模式
datadryad(https://datadryad.org/) 一个提供文章内数据下载的数据库,不同于原始数据,里面的大部分数据都是文章内关键的中间分析文件。比如说vcf文件或者构树的序列。使用这些数据省去了从原始数据开始分析的麻烦:不用花很长时间下载数据;在自己笔记本上就能分析;进一步挖掘新的信息等。这些数据都是文章原作者整理好上传的,引用也方便。现在有2万多个数据包,虽然不是很多,但是可以在学习时,找到相关的文章用数据去重复。例如,我找了一篇讨论非洲丽鱼同域物种形成的文章,Gemonic islands of speciation separate cichlid ecomorphs in an East African crater lake(https://datadryad.org//resource/doi:10.5061/dryad.770mc),下载的vcf文件可以重复文章的群体结构,pca,系统发育树以及HDRs分析。
Malinsky M, Challis RJ, Tyers AM, Schiffels S, Terai Y, Ngatunga BP, Miska EA, Durbin R, Genner MJ, Turner GF (2015) Genomic islands of speciation separate cichlid ecomorphs in an East African crater lake. Science 350(6267): 1493-1498. https://doi.org/10.1126/science.aac9927






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发表于 2018-5-15 20:43:09 | 显示全部楼层
厉害厉害,学习了
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