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下载的TCGA的MAF文件是hg38版本的,如何转换为hg19版本的?

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发表于 2018-5-2 09:57:38 | 显示全部楼层 |阅读模式
如题,谢谢!



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发表于 2018-7-2 20:52:53 | 显示全部楼层
你可以直接下载hg19版本的呀,版本转换参考3个软件,http://www.biotrainee.com/thread-661-1-1.html
你这个问题很复杂,需要打赏,请点击 http://www.bio-info-trainee.com/donate 进行打赏,谢谢
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 楼主| 发表于 2018-7-4 10:44:06 | 显示全部楼层
Jimmy 发表于 2018-7-2 20:52
你可以直接下载hg19版本的呀,版本转换参考3个软件,http://www.biotrainee.com/thread-661-1-1.html ...

谢谢明哥,我已经用crossmap转换好了。你说可以直接下载hg19版本的,我是用TCGA的GDC工具下载的,(https://portal.gdc.cancer.gov/repository)下载下载直接是hg38版本的,请问怎么下载hg19的?
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发表于 2018-8-1 11:20:29 | 显示全部楼层
您用crossmap把TCGA下载的MAF文件转换为hg19的,我想麻烦请教一下您是怎么转换的呢?crossmap不能转换MAF格式。要是先把MAF转换为其他格式再做genome assembly转换,那MAF格式中的一些信息则会丢失,所以我真的不知道该怎么做了。希望能得到您的帮助。谢谢!
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 楼主| 发表于 2018-8-3 17:31:43 | 显示全部楼层
qweasdzxc 发表于 2018-8-1 11:20
您用crossmap把TCGA下载的MAF文件转换为hg19的,我想麻烦请教一下您是怎么转换的呢?crossmap不能转换MAF格 ...

我的目的很简单,就是提取里面的数据,所以将前3列做成了类似bed文件的格式转换的。你的问题我也不清楚了`
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