搜索
查看: 2050|回复: 4

[mRNA-seq] hisat2需要安装吗?

[复制链接]

9

主题

15

帖子

244

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
244
发表于 2018-5-2 13:19:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
零基础小白WSL子系统,按照“HOPTOP转录组入门(五)序列比对”操作,总提示command not found。linux下软件需要安装吗?

本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x



上一篇:下载的TCGA的MAF文件是hg38版本的,如何转换为hg19版本的?
下一篇:流程示意图
回复

使用道具 举报

0

主题

17

帖子

123

积分

注册会员

Rank: 2

积分
123
发表于 2018-5-2 14:20:31 | 显示全部楼层
本帖最后由 alienzj 于 2018-5-2 14:24 编辑

得输入:
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
./hisat2

把hisat2所在的目录添加进环境变量里面(比如在这里把/path/to/hisat2换成/mnt/e/soft/hisat2)
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
which hisat2
echo $PATH
echo 'export PATH=/path/to/hisat2:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
echo $PATH

或者直接用conda这个二进制包管理器来装软件(添加bioconda频道后装生物信息软件非常方便)
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
conda install hisat2
回复 支持 反对

使用道具 举报

9

主题

15

帖子

244

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
244
 楼主| 发表于 2018-5-2 14:32:16 | 显示全部楼层
本帖最后由 disil 于 2018-5-2 14:34 编辑

我是先进入hisat2程序文件夹下写的命令,还需要环境变量吗?软件准备参考的是“PANDA姐的转录组入门(1):计算机资源的准备

回复 支持 反对

使用道具 举报

0

主题

17

帖子

123

积分

注册会员

Rank: 2

积分
123
发表于 2018-5-2 14:36:30 | 显示全部楼层
disil 发表于 2018-5-2 14:32
我是先进入hisat2程序文件夹下写的命令,还需要环境变量吗?软件准备参考的是“PANDA姐的转录组入门(1):计 ...

告诉shell解释器hisat2命令的所在路径就可以运行hisat2命令, 和你进入哪个目录没有关系。
回复 支持 反对

使用道具 举报

4

主题

51

帖子

327

积分

中级会员

Rank: 3Rank: 3

积分
327
发表于 2018-5-5 13:32:41 | 显示全部楼层
hisat2有各个系统编译好的版本可直接运行,添加hisat2的目录到环境变量就好了。
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-10-21 01:37 , Processed in 0.032672 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.