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[annotation] 新人求教一些clusterProfiler的问题

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发表于 2018-5-8 14:00:48 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近在学习GO、KEGG分析的方法,网上找了很多资料,都推荐使用clusterProfiler包进行分析。于是学习了一下官方手册,有如下几个问题:
第一,就是什么分析需要用到GO、KEGG的分析。我是看一篇公司的WGS结题报告中,有相关分析,但是看Y叔的公众号等多次提到RNA-SEQ的字眼
第二,在http://www.bioconductor.org/pack ... supported-organisms中,学习该包的具体使用方法,我发现一个问题,比如GO的数据库用的是
OrgDb    =
org.Hs.eg.db,不是很明白OrgDb里都有什么数据库,不是很明白org.Hs.eg.db具体代表什么数据库,还有OrgDb中的数据库会同步更新么,我做的是人的数据,那么是不是用OrgDb就能完全获取GO发布的数据库,是不是org.Hs.eg.db就能搞定一切?(ps:Supported organisms那一节确实有几个貌似是介绍OrgDb的链接,但不知道为什么,我一个都没法打开)
第三,是关于KEGG数据库的,在http://www.bio-info-trainee.com/1188.html一文里有讲述到KEGG的下载,当然我的下载链接和本中的略有不同,http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?hsa00001.keg,我下载下来的数据内容查看结果比上文中要多一点。问题二提到的指导网站上有说到,KEGG的数据库2012年开始就不更新了(免费的内容),这一点我也是知道的,但是很疑惑为什么下载到的信息还是在更新的,这些数据与organism     = 'hsa'中的hsa是一致的么?
第四,附带问一下有谁知道OMIM数据库怎么下载么,昨天填了申请下载之后,就没有然后了,听说这个是日更的……是不是以后分析前都得下载一遍新的……
以上问题可能有点小白,但是我确实不知道也迫切希望得到各位大神的解答,谢谢!
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发表于 2018-5-12 11:02:50 | 显示全部楼层
你的问题有点多,而且的确好的基础问题哦。你可能需要视频讲解
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 楼主| 发表于 2018-5-12 14:06:20 | 显示全部楼层
bioinfotrainee 发表于 2018-5-12 11:02
你的问题有点多,而且的确好的基础问题哦。你可能需要视频讲解

可以帮忙解答部分问题么
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发表于 2018-5-12 17:04:29 | 显示全部楼层
只有你有100~1000个感兴趣的基因集合,就需要用到GO、KEGG的分析,不管你的基因集是咋弄出来的,偷的抢的都可以
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