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[其他] 请问这个extdata文件是什么

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发表于 2018-5-9 20:28:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
创建txdb对象的三种方法:
一是读取实例文件
library(GenomicFeatures)
samplefile <- system.file("extdata", "hg19_knownGene_sample.sqlite",
package="GenomicFeatures")
txdb <- loadDb(samplefile)
这个文件是hg19的一个子集,里面只有178个转录本,620个外显子






请问各位大神上面的extdata是什么文件,你面试什么格式啊?
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发表于 2018-5-10 15:44:34 | 显示全部楼层
我自己的理解,不知道对不对:extdata不是文件,而是一个参数,有点像画图时用到更改颜色col="red"的red的作用,hg19_knownGene_sample.sqlite这个是文件,用system.file()函数读入的结果samplefile就是hg19_knownGene_sample.sqlite这个文件所在的路径
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发表于 2018-5-12 11:05:14 | 显示全部楼层
extdata涉及到R包常识问题,你开发一个自己的R包就明白了,作者会在extdata文件夹放一些测试数据给用户用。大部分的R包都有自己的extdata
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 楼主| 发表于 2018-5-16 14:13:52 | 显示全部楼层
bioinfotrainee 发表于 2018-5-12 11:05
extdata涉及到R包常识问题,你开发一个自己的R包就明白了,作者会在extdata文件夹放一些测试数据给用户用。 ...

谢谢大神!
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