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RepeatMasker 工具

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发表于 2018-5-17 10:56:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
首先赞美创造这套工具的人,其次吐槽创造这套工具的人,再次发布求助的内容。
[mw_shl_code=shell,true]RepeatMasker -h[/mw_shl_code]   #查看帮助
[mw_shl_code=shell,true]RepeatMasker -species "callithrix jacchus" dir repeat callgenemone[/mw_shl_code]   #对基因组开启注释,没有这个物种,加"物种全名"结果是产生了成千上万的不明所以的结果
捕获.PNG
这个结果是毫无意义的
捕11.PNG
但另一方面,对单个序列注释的结果
捕获11.PNG
起码形式的对的
问题是:1.RepeatMasker这个软件该怎么用才能注释基因组文件;2.RepetMasker能不能用来注释单个序列



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发表于 2018-11-6 21:23:31 | 显示全部楼层
指出错误:你的第一次运行命令有误,所以结果中有.err文件,估计是 dir没有加 -dir  路径有问题
回答问题:
1. 全基因组文件,如果没有该物种,可以自己用 -lib参数,用该物种的TE库;命令为:
[mw_shl_code=shell,true]RepeatMasker  -lib    TE.fasta   -dir   /export_PATH/   -pa  (线程数) -s/q/qq (准确度)[/mw_shl_code]

2.RepeatMasker可以用于单个序列。
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 楼主| 发表于 2019-5-30 08:44:22 | 显示全部楼层
Chris_J 发表于 2018-11-6 21:23
指出错误:你的第一次运行命令有误,所以结果中有.err文件,估计是 dir没有加 -dir  路径有问题
回答问题: ...


后来没有用这个软件,从UCSC找不到的,去RepeatMasker网站找到了,网站有大量的物种,而UCSC没有
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