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GWAS研究现状及资源下载

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发表于 2016-9-25 08:20:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
NCBI一直专门对GWAS的研究在做跟踪总结,原文见:http://www.bio-info-trainee.com/719.html
是NHGIR专门为它开辟了专栏来介绍,下面这个图片也是来自于NHGIR组织,是GWAS近年来发表文章的状况。

可以在该文章上面下载这个所有的数据

wget http://www.genome.gov/admin/gwascatalog.txt

截至目前为止。2015年5月8日21:08:34

这个文档有19603行的数据,但是只有2113篇pubmed文献,共涉及到七千多个基因

有293种杂志都发过GWAS的文章,总共有2113篇文献,发表关联分析突变位点最多的是这篇文献23251661 在PLoS One杂志上面,共 949个rs突变

杂志排序
cut -f 2,5 gwascatalog.txt |perl -alne ‘{$hash{$_}++}END{print “$_” foreach sort {$hash{$a} <=> $hash{$b}} keys %hash}’ |cut -f 2 |perl -alne ‘{$hash{$_}++}END{print “$_\t$hash{$_}” foreach sort {$hash{$a} <=> $hash{$b}} keys %hash}’

Hum Genet 41
Am J Hum Genet 62
Mol Psychiatry 64
PLoS One 132
PLoS Genet 145
Hum Mol Genet 168
Nat Genet 397
文章的rs突变点排序
cut -f 2,5 gwascatalog.txt |perl -alne ‘{$hash{$_}++}END{print “$_ $hash{$_}” foreach sort {$hash{$a} <=> $hash{$b}} keys %hash}’
24324551 PLoS One 241
24097068 Nat Genet 245
24816252 Nat Genet 299
23382691 PLoS Genet 699
23251661 PLoS One 949

大家可以自由探索该文件!


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发表于 2017-3-1 09:48:30 | 显示全部楼层
谢谢jimmy
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