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[mRNA-seq] 转录组入门-1 连接服务器及安装软件

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发表于 2018-6-8 13:51:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 桃仙姑 于 2018-6-8 17:09 编辑

跟所里的老师要了一个服务器的IP地址,账号和密码,然后通过Xshell进行连接。

在自己的账号下面建立了一个文件夹 soft, 然后定位到soft文件夹开始进行miniconda的安装(具体请参照青山屋主的文章https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567

[taoxiangu~]$(前面是我的目录,从后面的mkdir开始输入,下同) mkdir soft #建立soft文件夹, mkdir是make a directory
[taoxiangu ~]$ cd soft #定位到soft文件夹
[taoxiangu soft]$ wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  #soft文件夹下载(wgetminiconda
下载之后要安装,使用bash命令
[taoxiangu soft]$ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  # 安装miniconda3
[taoxiangu soft]$ conda config --addchannels http://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/  
[taoxiangu soft]$ conda config --setshow_channel_urls yes #这两个命令连用,#之前用一个清华的镜像,但是总是下不下来,换了这个中科大(ustc)的镜像。
[taoxiangu soft]$ conda install -c bioconda hisat2 #安装hisat; -c的意思是自动断点续传(应该不是断点续传,而是指出要安装的hisat2软件所在的channel是bioconda。。。),bioconda意味着hisat2在bioconda这个channel里
[taoxiangu soft]$ conda list #显示安装的软件

依次类推,安装过程中要输入y

大部分都在bioconda channel里,只有sratoolkit在 jfear这个channel。因为如果 输入conda install -c bioconda sratoolkit,会提示你在bioconda里找不到这个软件。 所以要用conda install -c jfear sratoolkit才可以。

在“一只聋了的青蛙”的帖子里看到sra-tools可以用bioconda安装,不知道sratoolkit和sra-tools有什么区别和联系。

目前刚进展到这里,后续再补充。





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 楼主| 发表于 2018-6-8 17:09:48 | 显示全部楼层
为什么用conda install r总是不成功呢,试试conda install -c r r?
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发表于 2018-6-8 22:41:31 | 显示全部楼层
R语言安装好像不是这个名字
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 楼主| 发表于 2018-6-11 08:55:45 | 显示全部楼层
tianzhanlan 发表于 2018-6-8 22:41
R语言安装好像不是这个名字

是哦 装了好多次都不行。但是sudo命令用不了,好像不是管理员不能用,我得请教一下去
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发表于 2018-7-17 18:58:34 | 显示全部楼层
桃仙姑 发表于 2018-6-11 08:55
是哦 装了好多次都不行。但是sudo命令用不了,好像不是管理员不能用,我得请教一下去 ...

conda好像不能直接安装R,需要通过sudo apt-get install来安装R。
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