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TCGA 大肠癌数据

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发表于 2018-6-8 14:59:13 | 显示全部楼层 |阅读模式
菜鸟求问,谢谢大家。
用了以下语句下载的TCGA 大肠癌数据,文件形式为FPKM的,则是RNASeq数据。
query.exp <- GDCquery(project = "TCGA-COAD",
                      data.category = "Transcriptome Profiling",
                      data.type = "Gene Expression Quantification",
                      workflow.type = "HTSeq - FPKM-UQ",
                      sample.type = c("Solid Tissue Normal", "Primary Solid Tumor"))

这样下载的是三级数据了吧?也就是已经normalized了?
那么,下一步就是讲normal与tumor文件合并并处理组间差异了?
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