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[expression-profile] DESeq2最后生成的Excel

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发表于 2018-6-20 21:21:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好,生信小白,我想问下DESeq2最后生成的表格,最后几列是TPM的值嘛?

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发表于 2018-6-28 23:08:33 | 显示全部楼层
不是,想获得TPM值,需要自己写代码计算获得,你需要2个数据,一个read counts数据,一个gene 去冗余长度,通过对应TPM计算的公式获得TPM值。
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 楼主| 发表于 2018-7-3 19:03:50 | 显示全部楼层
渊梦无痕 发表于 2018-6-28 23:08
不是,想获得TPM值,需要自己写代码计算获得,你需要2个数据,一个read counts数据,一个gene 去冗余长度, ...

谢谢啊,之前老是不懂~
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发表于 2018-7-8 10:52:20 | 显示全部楼层
渊梦无痕 发表于 2018-6-28 23:08
不是,想获得TPM值,需要自己写代码计算获得,你需要2个数据,一个read counts数据,一个gene 去冗余长度, ...

那baseMean呢?这个值说是通过某个算法标准化后的值,那这个标准化与TPM,FPKM之类的值反应的不是同一个意思吗?
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发表于 2018-9-13 12:02:43 | 显示全部楼层
baseMean意义不大,通常我们想获得归一化的表达矩阵去画热图,所以vst或者rlog均可。
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