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[expression-profile] R读取数据进行DESeq2分析遇到的一些问题

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发表于 2018-7-10 14:59:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
问题1.因为我涉及到一些蛋白组学的数据,之前看到DEseq2也可以差异分析蛋白组学的数据,所以想尝试分析一下差异蛋白。

fig.1

fig.1

上图是我在excel里边打开的数据,准备导入进R。
问题来了,数据导入至R后是这样的,数值在Rstudio的小框里边是靠左边的,感觉不是数值类型,如fig2,下图

fig.2

fig.2

之后我用DESeq2构建dds,报错:如下图,我确认了下,数据里边是没有NA的,如图3
3.PNG
之后google了下这个报错,看到有人更改矩阵的storage.mode,于是我查看了我的矩阵的storage.mode并且更改了,发现更改storage.mode强制把一些值,更改为了NA,我初步统计是大于2X10^9的数字被改成了NA,如下图,ps X是导入excel数据用as.matrix转换的,也有点奇怪
下图为更改X的storage.mode 出现提醒
4.PNG
5.PNG
下面两个图是对比改变X的storage.mode为integer时候有一些值被强制改变为NA

fig6

fig6


7.PNG

最后,我把这些有NA值的row都删掉之后  是可以用DEseq2做差异分析的,但是这到底是什么问题呢,平时导入TCGA的RNAseq数据也不会出现这些问题,是因为这些数字太大了吗







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 楼主| 发表于 2018-7-10 15:24:13 | 显示全部楼层
问题解决了。。。
.Machine$integer.max
# [1] 2147483647
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