搜索
查看: 107|回复: 1

[expression-profile] R读取数据进行DESeq2分析遇到的一些问题

[复制链接]

1

主题

4

帖子

36

积分

新手上路

Rank: 1

积分
36
发表于 2018-7-10 14:59:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
问题1.因为我涉及到一些蛋白组学的数据,之前看到DEseq2也可以差异分析蛋白组学的数据,所以想尝试分析一下差异蛋白。
上图是我在excel里边打开的数据,准备导入进R。
问题来了,数据导入至R后是这样的,数值在Rstudio的小框里边是靠左边的,感觉不是数值类型,如fig2,下图

之后我用DESeq2构建dds,报错:如下图,我确认了下,数据里边是没有NA的,如图3

之后google了下这个报错,看到有人更改矩阵的storage.mode,于是我查看了我的矩阵的storage.mode并且更改了,发现更改storage.mode强制把一些值,更改为了NA,我初步统计是大于2X10^9的数字被改成了NA,如下图,ps X是导入excel数据用as.matrix转换的,也有点奇怪
下图为更改X的storage.mode 出现提醒


下面两个图是对比改变X的storage.mode为integer时候有一些值被强制改变为NA




最后,我把这些有NA值的row都删掉之后  是可以用DEseq2做差异分析的,但是这到底是什么问题呢,平时导入TCGA的RNAseq数据也不会出现这些问题,是因为这些数字太大了吗







本帖子中包含更多资源

您需要 登录 才可以下载或查看,没有帐号?立即注册

x
回复

使用道具 举报

1

主题

4

帖子

36

积分

新手上路

Rank: 1

积分
36
 楼主| 发表于 2018-7-10 15:24:13 | 显示全部楼层
问题解决了。。。
.Machine$integer.max
# [1] 2147483647
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2018-7-23 00:22 , Processed in 0.089296 second(s), 24 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.