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[其他] 关于在SRA数据库下载文献中的RNA-seq测序数据的问题

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发表于 2018-7-11 14:16:31 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 snower 于 2018-7-11 14:55 编辑

在文献中找到了原始数据的编号,在NCBI中找到了
NCBI上的描述:
Design: The dataset contains T-cell Receptor Beta Chain sequences from multiple sclerosis patients. Individual cDNA molecules were labeled with an unique molecular identifier (UMI) tag prior to library preparation. Custom adapters with sample barcodes were used. Libraries were prepared according to our standardized protocol (http://www.frontiersin.org/Journ ... 2013.00456/abstract). Sequencing was performed using Illumina HiSeq2500. MiGEC software suite (http://www.nature.com/nmeth/journal/v11/n6/abs/nmeth.2960.html) was used to de-multiplex samples, trim adapters and extract UMI sequences. UMI sequences were appended to header as UMI:NNN: QQQ, where NNN is the nucleotide sequence and QQQ is the Phred quality score string.


描述称测序数据带有UMI的标签,但是打开下载的数据并没有见到 UMI:NNN: QQQ格式的东西呀



(1)怎样查看测序数据的UMI标签?
(2)文中还提到了MIGEC这个软件,软件需要RNA的条码序列文件,在SRA上下载的数据还包括barcodes(条码序列)吗?怎样确定条码序列的核苷酸序列?
(3)SRA上下载的数据需要去接头吗?是不是没有找到重复的序列就是去过接头的数据了?(4)还有下面的master条码序列 和 slave条码序列 不知道是什么











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发表于 2018-7-14 18:37:28 | 显示全部楼层
Welcome to my blog: http://bioinfostar.com
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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
mckf111 发表于 2018-7-14 18:37
Unique Molecular Identifiers – the problem, the solution and the proof

谢谢谢谢~~~~~~~~~
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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
snower 发表于 2018-7-16 09:49
谢谢谢谢~~~~~~~~~

不好意思,我还是想请教一下SRA数据库中的fastq文件还包括barcode序列吗
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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
mckf111 发表于 2018-7-14 18:37
Unique Molecular Identifiers – the problem, the solution and the proof

不好意思,我还是想请教一下SRA数据库中的fastq文件还包括barcode序列吗
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