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全基因组SV检测crest

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发表于 2018-7-24 14:01:55 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Join 于 2018-7-24 15:50 编辑

SV检测




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发表于 2018-7-24 15:03:19 | 显示全部楼层
官方README里面就有:https://github.com/youngmook/CREST

The output
file *.predSV.txt has the following tab-delimited columns: left_chr, left_pos,
left_strand, # of left soft-clipped reads, right_chr, right_pos, right_strand,
# right soft-clipped reads, SV type, coverage at left_pos, coverage at
right_pos, assembled length at left_pos, assembled length at right_pos,
average percent identity at left_pos, percent of non-unique mapping reads at
left_pos, average percent identity at right_pos, percent of non-unique mapping
reads at right_pos, start position of consensus mapping to genome,
starting chromosome of consensus mapping, position of the genomic mapping of
consensus starting position, end position of consensus mapping to genome,
ending chromsome of consnesus mapping, position of genomic mapping of
consensus ending posiiton, and consensus sequences.  
专注于 Spark 分布式快速处理基因数据
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 楼主| 发表于 2018-7-24 15:47:33 | 显示全部楼层
好的,谢谢
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