搜索
查看: 392|回复: 1

求一个perl脚本

[复制链接]

2

主题

2

帖子

67

积分

注册会员

Rank: 2

积分
67
发表于 2018-7-27 18:19:32 | 显示全部楼层 |阅读模式
利用perl求一个fastq文件里面每个碱基的质量值,要求输出成另外一个fastq文件。求大佬给个脚本,不可以用到BIO::perl模块



上一篇:宏基因组物种注释一般能注释到多少种微生物呢?
下一篇:有没有方法在测序原始文件里针对某个具体的基因计算rpkm
回复

使用道具 举报

0

主题

2

帖子

31

积分

新手上路

Rank: 1

积分
31
发表于 2018-9-29 11:04:44 | 显示全部楼层
[Perl] 纯文本查看 复制代码
#!/usr/bin/perl  -w 
use strict;
use Getopt::Long;
my($help,$fq,$out_file);

GetOptions(
    'help|?'=>\$help, 'output=s'=>\$out_file, 'fastq=s'=>\$fq
) or die $!;
if($help)
{
print "
#--------------------------------------------------------------
Function: transform the base quality
Usage: 
        -h  help information
        -f  fastq file
        -o  output file
Example:
        perl *.pl -f *.fastq -o *.fastq
#--------------------------------------------------------------
"
}
my(@raw,@raw1,@raw2);
open IN,"<$fq"|| die "$!";
open OUT,">$out_file"|| die "$!";
local $/="@";
<IN>;
while(<IN>)
{
 chomp;
 @raw = split/\n/, $_;
 @raw1 = map{ord($_)-33}split//,$raw[3];
 @raw2 = join(";",@raw1);
 print OUT "@",$raw[0],"\n",$raw[1],"\n",$raw[2],"\n",@raw2,"\n";
}
close IN;
close OUT;
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2018-10-22 16:49 , Processed in 0.115873 second(s), 27 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.