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[其他] 关于cuffmerge和cuffdiff的问题

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发表于 2018-7-31 10:31:59 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 snower 于 2018-7-31 12:47 编辑

我在NCBI上下载了6组文献上的数据,包括6个正常组织的RNA和6个癌症组织的RNA,分别来自6个肺癌病人。
那么我在利用cufflinks计算基因表达量的时候需要利用cuffmerge合并转录组吗?是只合并同一个病人的两个样本(正常与癌症),还是要合并6个病人的所有样本,还是需要将癌症与正常的样本分别合并呢?是不是cuffdiff打算分析哪几个样本,就要将那几个样本的转录本合并呢?
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发表于 2018-7-31 15:01:24 | 显示全部楼层

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如果只是为了计算已经注释基因的表达量没必要cuffmerge
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 楼主| 发表于 6 天前 | 显示全部楼层
pele 发表于 2018-7-31 15:01
如果只是为了计算已经注释基因的表达量没必要cuffmerge

好的,谢谢
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