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讨论帖-生物信息小白如何自学编程

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发表于 2016-9-1 11:00:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
编程的重要性我就不多说了,之前有过激烈的讨论,一个生信工程师是否可以绕开编程,纯粹的使用各种工具,包括云计算平台,我这里的回答是:不能!!!(一定要会写代码)
这本来是我在知乎上面看到的问题,所以就抽空回答了一下:http://www.zhihu.com/question/36701137/answer/68928111
首先,你懂得想去看源码,这是一个很好的兆头,一些非常正规的源码的确是编程进阶的的捷径,毕竟我们大部分人都不可能得到别人的手把手指导,所以只能靠自己的悟性了。
我就以我自己的经历来回答这个问题吧,我作为一个纯生物出身的小白,现在编程技术应该还算可以了!
首先,不管是哪个语言,perl,python,R,matlab都好,它们都有一堆的基础书籍,你必须以囫囵吞枣的心态看完一两本书(书没有好坏,别要我给你推荐书名),必须看完,了解编程基础。
接下来的步骤最重要,就是实践,不停的实践,在实践中运用编程技术,这样是学的最快的,不然你看再多的书也只是一个概念。
我这里重点推荐一个工具集,它实现了很多生物信息学需要的常用操作,网址是:Bioinformatics Tools
包含以下64中工具,而且网页也很清楚的描述了它们的功能,其实非常简单,但是这样写程序非常有效。

(注:那些工具需求已经过期,所以我们生信技能树论坛重新做了一个:http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=forumdisplay&fid=59 欢迎大家进入做题学习)

当你实现完了这些需求,你不仅仅学会了编程,而且是学会了编程该如何应用在生物信息学里面!
用perl,python,R,matlab中的任何一种都可以实现,它们没有任何区别的,别纠结语言的问题。
不推荐初学者看源代码,因为源代码太正规了,定义变量就几十行代码了,再定义函数又是几百行代码,而真正学生物信息学的压根写代码都不超过五十行的,比如我上面提到那64个生物数据处理需求,一般就七八行代码就可以(在perl里面)
不信你可以看看这个github里面托管的代码:trinityrnaseq/util/misc at master · trinityrnaseq/trinityrnaseq · GitHub
里面有很多perl代码,都是实现各种数据转换的,写的非常正规,甚至能把一行代码就能解决的问题写成几百甚至上千行,除非你想把自己的代码拿去发文章或者出售,否则正常的生物信息学研究根本用不着!
当然,回到你最初的问题,哪里能找到源码呢?
首先,你可以去图书馆看一堆书籍,它们都会有光盘,下载既有视频又有源码,或者书上一般会说源码在哪里下载,比如这个pleac/include/perl at master · pleac/pleac · GitHub
然后,你可以找一大堆的生物信息学软件,它们一般都托管在github上面,这个链接里面有三百多个生物信息学转录组领域的软件:List of RNA-Seq bioinformatics tools
这个链接有几百个生物信息学里面做alignment的软件:
甚至连常见的生物信息学数据库也有自己的源码包:例如NCBI,ensembl,UCSC
下面就是ENSEMBL数据库的:NGS数据比对工具持续收集
(记住,这些软件都是人家发表文章的,非常难,你一辈子能搞定一个就很了不起了,比如我,就搞了一下bowtie,也是一知半解的)
分享了所有的代码,实在是太方便了:Ensembl Project · GitHub
可以跟着这些代码学习编程:Ensembl/ensembl-pipeline · GitHub
它的官网的帮助文档也特别详细:Help & Documentation

大家可以讨论一下关于生信编程入门指导的问题,欢迎跟帖!



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发表于 2016-9-3 19:32:30 | 显示全部楼层
我是分子遗传硕士
最近一年从零开始断断续续学python 正在做一个webapp
希望毕业前能用python做些漂亮的数据分析放在论文里

祝论坛越办越好
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发表于 2016-9-23 23:46:58 | 显示全部楼层
感谢分享!!!!!!!!!!!
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发表于 2017-1-6 12:53:08 来自手机 | 显示全部楼层
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