讨论帖-生物信息小白如何自学编程

Jimmy

编程的重要性我就不多说了，之前有过激烈的讨论，一个生信工程师是否可以绕开编程，纯粹的使用各种工具，包括云计算平台，我这里的回答是：不能！！！（一定要会写代码）
这本来是我在知乎上面看到的问题，所以就抽空回答了一下：http://www.zhihu.com/question/36701137/answer/68928111
首先，你懂得想去看源码，这是一个很好的兆头，一些非常正规的源码的确是编程进阶的的捷径，毕竟我们大部分人都不可能得到别人的手把手指导，所以只能靠自己的悟性了。
我就以我自己的经历来回答这个问题吧，我作为一个纯生物出身的小白，现在编程技术应该还算可以了！
首先，不管是哪个语言，perl,python,R,matlab都好，它们都有一堆的基础书籍，你必须以囫囵吞枣的心态看完一两本书（书没有好坏，别要我给你推荐书名），必须看完，了解编程基础。
接下来的步骤最重要，就是实践，不停的实践，在实践中运用编程技术，这样是学的最快的，不然你看再多的书也只是一个概念。
我这里重点推荐一个工具集，它实现了很多生物信息学需要的常用操作，网址是：Bioinformatics Tools
包含以下64中工具，而且网页也很清楚的描述了它们的功能，其实非常简单，但是这样写程序非常有效。

（注：那些工具需求已经过期，所以我们生信技能树论坛重新做了一个：http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=forumdisplay&fid=59 欢迎大家进入做题学习）

当你实现完了这些需求，你不仅仅学会了编程，而且是学会了编程该如何应用在生物信息学里面！
用perl,python,R,matlab中的任何一种都可以实现，它们没有任何区别的，别纠结语言的问题。
不推荐初学者看源代码，因为源代码太正规了，定义变量就几十行代码了，再定义函数又是几百行代码，而真正学生物信息学的压根写代码都不超过五十行的，比如我上面提到那64个生物数据处理需求，一般就七八行代码就可以（在perl里面）
不信你可以看看这个github里面托管的代码：trinityrnaseq/util/misc at master · trinityrnaseq/trinityrnaseq · GitHub
里面有很多perl代码，都是实现各种数据转换的，写的非常正规，甚至能把一行代码就能解决的问题写成几百甚至上千行，除非你想把自己的代码拿去发文章或者出售，否则正常的生物信息学研究根本用不着！
当然，回到你最初的问题，哪里能找到源码呢？
首先，你可以去图书馆看一堆书籍，它们都会有光盘，下载既有视频又有源码，或者书上一般会说源码在哪里下载，比如这个pleac/include/perl at master · pleac/pleac · GitHub
然后，你可以找一大堆的生物信息学软件，它们一般都托管在github上面，这个链接里面有三百多个生物信息学转录组领域的软件：List of RNA-Seq bioinformatics tools
这个链接有几百个生物信息学里面做alignment的软件：
甚至连常见的生物信息学数据库也有自己的源码包：例如NCBI，ensembl，UCSC
下面就是ENSEMBL数据库的：NGS数据比对工具持续收集
（记住，这些软件都是人家发表文章的，非常难，你一辈子能搞定一个就很了不起了，比如我，就搞了一下bowtie，也是一知半解的）
分享了所有的代码，实在是太方便了：Ensembl Project · GitHub
可以跟着这些代码学习编程：Ensembl/ensembl-pipeline · GitHub
它的官网的帮助文档也特别详细：Help & Documentation

大家可以讨论一下关于生信编程入门指导的问题，欢迎跟帖！

hxoxh

我是分子遗传硕士
最近一年从零开始断断续续学python 正在做一个webapp
希望毕业前能用python做些漂亮的数据分析放在论文里

祝论坛越办越好

有人鱼线的Mr徐

感谢分享！！！！！！！！！！！

Mint

练练练

Mint

练练练

LooPer

总之就一句话，先搞起来