搜索
查看: 938|回复: 3

[data-quality-control] trim_galore去除RRBS数据的接头后再切掉2bp

[复制链接]

13

主题

44

帖子

506

积分

高级会员

Rank: 4

积分
506
发表于 2018-8-22 16:52:51 | 显示全部楼层 |阅读模式
测序数据是RRBS双端测序,除了去除接头外,每一条链还应该去掉2bp的自动补齐序列
所用命令如下:
[PowerShell] 纯文本查看 复制代码
trim_galore --phred33 --illumina --paired --stringency 3 -e 0.1 --gzip --length 35 --rrbs --clip_R2 2 --fastqc -o ./00_cut_adapter R1.fq R2.fq


看了一下结果报告,为什么在R2的报告中切除的额外2bp为0呢
RRBS reads trimmed by additional 2 bp when adapter contamination was detected:  0 (0.0%)
但是在R1中就有记录:
RRBS reads trimmed by additional 2 bp when adapter contamination was detected:  26780513 (66.9%)

按理说R1和R2切掉接头之后都应该在去除2bp啊?是我代码不对?
回复

使用道具 举报

0

主题

5

帖子

83

积分

注册会员

Rank: 2

积分
83
发表于 2018-8-24 13:50:48 | 显示全部楼层
你这个去的就是R2的把
回复 支持 反对

使用道具 举报

13

主题

44

帖子

506

积分

高级会员

Rank: 4

积分
506
 楼主| 发表于 2018-8-24 14:07:54 | 显示全部楼层
苏牧传媒 发表于 2018-8-24 13:50
你这个去的就是R2的把

为什么R2的记录中显示的是0呢
回复 支持 反对

使用道具 举报

0

主题

5

帖子

83

积分

注册会员

Rank: 2

积分
83
发表于 2018-8-24 14:15:46 | 显示全部楼层
我没trim过RRBS的,他的这个报告是什么意思呢?你用fastqc或者head看下实际上那2bp有没有被trim掉呢/
回复 支持 反对

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2019-5-22 17:56 , Processed in 0.031349 second(s), 23 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.