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[position-annotation] methylKit读取文件时出错

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发表于 2018-8-29 15:46:34 | 显示全部楼层 |阅读模式
想用methylKit处理bismark的结果,直接读入排序并做好index的bam文件,代码如下:
[Ruby] 纯文本查看 复制代码
#!~/miniconda2/bin/Rscript
library(methylKit)
bam.list=list(
"FF01N_ATCACG_S9_L007_pe.sort.bam",
"FF01N_CGATGT_S10_L007_pe.sort.bam",
"FF01N_TTAGGC_S11_L007_pe.sort.bam"
)

myobj=processBismarkAln(
	bam.list,
	sample.id=list("FF01N_ATCACG_S9_L007_pe",
				   "FF01N_CGATGT_S10_L007_pe",
				   "FF01N_TTAGGC_S11_L007_pe"),
	assembly="hg38",
	treatment=c(1,1,0,0),
	read.context="CpG",
	save.folder=getwd()
)


一直报错:


有人知道是咋回事吗?到底哪里错了?

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 楼主| 发表于 2018-8-29 16:06:18 | 显示全部楼层
已解决                                                                     
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 楼主| 发表于 2018-8-29 16:42:37 | 显示全部楼层
新问题出现。。。。。
*** caught segfault ***
address 0x234, cause 'memory not mapped'

Traceback:
1: .Call("_methylKit_methCall", PACKAGE = "methylKit", read1, type,     nolap, minqual, mincov, phred64, CpGfile, CHHfile, CHGfile)
2: methCall(read1 = location, type = "bam", nolap = nolap, minqual = minqual,     mincov = mincov, phred64 = phred64, CpGfile = out.files[["CpG"]],     CHHfile = out.files[["CHH"]], CHGfile = out.files[["CHG"]])
3: .local(location, sample.id, assembly, save.folder, save.context,     read.context, nolap, mincov, minqual, phred64, save.db)
4: processBismarkAln("FF01N_ATCACG_S9_L007_pe.sort.bam", sample.id = "FF01N_ATCACG_S9_L007_pe",     assembly = "hg38", read.context = "CpG", save.folder = getwd())
5: processBismarkAln("FF01N_ATCACG_S9_L007_pe.sort.bam", sample.id = "FF01N_ATCACG_S9_L007_pe",     assembly = "hg38", read.context = "CpG", save.folder = getwd())
An irrecoverable exception occurred. R is aborting now ...

提示内存不足?改为只运行一个bam文件,也就2.9G,结果还是出现这个错误
内存绝对是够的啊!
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