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[R] 第一份读书笔记——《R数据科学》的准备工作

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发表于 2018-9-2 21:39:43 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 Ernie8 于 2018-9-3 10:31 编辑

第一份读书笔记

先感谢借鉴的文章:果子学生信 给自己一个全新的R语言环境
高远老师 R安装升级后的若干规定动作
再做一波推广:【生信技能树】生信人应该这样学R语言初入R世界不迷茫

1.安装R和RStudio
分别百度“R”和“RStudio”,并参照借鉴文章即可安装成功。
Tips:安装路径中不要出现中文。
2.对R进行若干动作
2.1.安装好RStudio后,打开新建一个空脚本。

输入
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
file.edit('~/.Renviron')


点击Run(快捷键:Ctrl+Enter),会出现一个空白的文本,在里面填写
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
R_LIBS_USER="D:/Rlib"

关闭这个文本,并保存。
"D:/Rlib"表示以后所有的R包装到这个目录。

2.2.回到开始的脚本框,在第二行输入
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
file.edit('~/.Rprofile')

点击Run,在弹出的界面输入
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor

options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
#cran


然后关闭这个文件,保存。

2.3.下载biocLite.R(如果无法成功安装bioconductor
https://bioconductor.org/biocLite.R 下载到本地并打开,在文件开头加入如下两行命令
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
#bioconductor[/size][/font][font=Tahoma][size=2]
[/size][/font]
[font=Tahoma][size=2]options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/",
CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
#cran

把保存好的biocLite.R文件复制到当前工作环境下,如不知道用以下代码查询:
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
getwd()

运行命令:
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
source("biocLite.R)
BiocInstaller::biocLite()

运行之后出现

与果子哥文章里的字样不一样...
#给自己一个权限

结果终于成功了

(如果R的安装地址权限给了还不能解决,就把最初的"D:/Rlib"的权限也给了)
以后安装bioconductor上的包都不用source,直接运行即可

3.安装tidyverse
输入如下命令
[AppleScript] 纯文本查看 复制代码
#安装tidyverse包
install.packages("tidyverse")

#稍等片刻
#加载tidyverse包
library(tidyverse)

正常结果如下



4.学会解决问题
有问题先谷歌(可以运行Sys.setenv(LANGUAGE = "en",重新运行一遍代码,获得英文错误信息)
不行再上stackoverflow。还可以去R社区RStudio.blogR-bloggers

ps:第一次写学习笔记,写得焦头烂额。耗时严重,有待进步。要发表前还花频,吓死...





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发表于 2018-9-2 23:23:45 | 显示全部楼层
学习了 谢谢
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 楼主| 发表于 2018-9-3 08:59:52 | 显示全部楼层

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