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超快学会使用mrBayes 构建进化树

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发表于 2018-9-7 17:56:02 | 显示全部楼层 |阅读模式

好久没来技能树了,我都感觉对不起jimmy,主要是我最近没有二代数据,几乎用不上生信的技术,不过最近开始要准备重返了

以下是我最近在自己玩的一个小公众号 “LifeMoments上” 整理的一篇快速学会使用mrBayes的方法,以后构建贝叶斯树可以直接往上面套用。希望对大家有用!


Mrbayes 是贝叶斯推断(Bayesian inference,BI)方法构建系统发育树的软件,利用马尔科夫蒙特卡洛(Markov chain Monte Carlo,MCMC)方法评估模型参数的后验概率。鉴于这种方法在系统发育分析中非常常见,将简单的使用方法在此记录一下。软件的官网有详细其详细的介绍:http://mrbayes.sourceforge.net/

下载安装好软件之后,接下来就是进行系统发育树的构建了!


1. 首先,准备数据。

将需要分析的矩阵数据,转换成.nexus格式。如果是fasta格式的文件,可以用MEGA(进化入门软件)转换。

(nexus格式:ntax=类群数,nchar=序列长度,datatype=数据类型)

2. 参数设置

  • lset 设置模型参数

一般参数都默认,除了以下几个:

Nst:设置核酸替代模型,1=JC69,2=F81,6=GTR
Rates:设置替换速率
lset Nst=6,Rates=Invgamma;

  • prset 设置模型的先验信息

这一部分一般不确定的都会默认参数,除非用软件(PAUP好像可以)测试数据的先验信息,然后如下设置:


prset statefreqpr=fixed(0.2612, 0.2180,0.2563, 0.2645);
设置GTR模型中核苷酸平衡频率的先验概率

prset revmatpr=fixed(1.0000, 3.6695, 0.4065,0.4065, 9.2409, 1.0000);
设置GTR模型中替换速率的先验分布

prset shapepr=fixed(0.8448);
设置速率分布的尺度

prset pinvarpr=fixed(0.5703);
设置不变位点的比例

  • mcmc 设置抽样信息

设置几个关键的参数:(需要判断抽样次数是否足够,分裂频率分支频率的标准偏差需要小于0.01,否则需要增加抽样次数)

Ngen:设置总抽样次数
Samplefreq:设置抽样频率
Printfreq:设置打印频率

mcmc Ngen=10000,Samplefreq=10,Printfreq=100;

  • sump burnin=2500;

总结参数结果

  • sumt burnin=2500;

总结系统树;


3. 最后将所有设置好的参数都放到数据矩阵nexus文件最后面
然后,在贝叶斯程序中输入:
exe 文件名.nexus
在windows的CMD命令终端输入:
Mrbayes 文件名.nexus
在linux 或MAC 命令终端输入:
Mrbayes 文件名.nexus
就可以了!至此就等着结果出来了!
最后,查看和美化系统发育树的软件推荐Figtree




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发表于 2018-12-17 17:35:39 | 显示全部楼层
图都挂了,最好是上传到本论坛上,不用外联,就不会挂了。
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