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[basic] Bioconductor简介

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发表于 2018-9-8 21:42:29 | 显示全部楼层 |阅读模式
---------------------------------------------------------------Bioconductor-------------------------------------------------------
1)简介
Bioconductor项目始于2001年达纳法伯癌症研究所。 高科技产业多学科研究基金会为该项目提供支持。
2)目的
Bioconductor项目的广泛目标是在计算生物学中实现良好的数据分析和推理实践,并提供一个平台,使科学家(生物学家和统计学家)能够开发和快速部署创新的计算方法。 用于实现这些目标的机制包括:
为统计人员提供他们熟悉的编程环境中的工具;为生物学家提供对计算所需的必要工具(现有工具和尚未开发工具)的简化访问;致力于开发高质量的面向对象软件,并承诺封装,可扩展性和文档编制。
3)历史过程
2001年9月,第一位程序员加入了团队,2002年1月,第二位程序员加入了团队。 因为在开始这个项目之前,没有人在这些领域有很多经验,因此第一年的大部分时间都是学习经历。 Bioconductor项目现在广为人知并广泛使用,被视为分析基因组数据的技术和方法开发的领导者。
他们组建了一支广泛而多样化的统计学家,程序员和生物学家团队。 该团队已经生产了大量软件。 这些组件现在被广泛使用(它们已被商业公司移植)并且足够成熟。 此外,参与者还撰写了描述他们开发工具的论文。
每个Bioconductor版本都适用于特定版本的R与之对应,以及设计用于相应R / Bioconductor版本的软件包的链接,每个版本的也都会有相应的pdf说明,若感兴趣可以查看http://www.bioconductor.org/about/annual-reports/
下面是不同版本的Bioconductor与之对应的R版本,及包的数量。

目前最新的Bioconductor版本是3.7,与之对应的是R3.5版本,含有1560个软件包、342 实验数据包, 919 注释包, 及21个 workflows。
#############################今天时间比较着急,写的有点短,后续将详细介绍一些包############

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