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蛋白质组学的研究套路

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发表于 2016-9-25 22:42:16 | 显示全部楼层 |阅读模式
当时在学习制备单抗的时候,我的小导说过做科研都是套路。但问题是套路都一样,重点是你选择什么样的story,好的文章都会有好的story
蛋白质组学常见的套路一
1.      基于凝胶技术的蛋白质组学
最常见的便是2-D电泳,打出来很多点,然后再通过比较抠点出来送去打质谱,挑出一些比较重要、符合自己结论的蛋白质,进行western验证。但是重复性很差,经常一个样品跑都不一定能统一结果,主要还是因为在跑一向的时候并不能够保证每一次重复胶条吸附的情况一致。
随着技术的进步,2-D DIGE技术的出现,凭借着萤光信号的灵敏度,可以更为科学的选择差异蛋白,可以一次处理多组样品,而且具有内标,对信号强弱的处理有了统计学的意义。筛选得到的蛋白质再进行后续的功能验证(如western)。但是有个缺点,,真的不是一般实验室可以完成的。
2.      蛋白质组学经典的套路之一就是:处理与样品跑电泳后挑选差异蛋白,质谱鉴定后进行功能验证。
蛋白质组学常见的套路二
1.      基于质谱技术的蛋白质组学
简单的讲,就是不跑凝胶,直接打质谱进行鉴定。一般的有iTRAQ,ICAT,SLIAC。iTRAQ等基于高灵敏性和精确性的MS,不需要凝胶,可以获得相对和绝对定量的蛋白质结果,而且比电泳能发现更多数量和种类的蛋白。iTRAQ可同时对4个或者8个样品进行蛋白定量比较。
2.      所以套路之二就是如果你的老板经费充足,且想做蛋白定量,获得更多信息量的数据,那么就选择iTRAQ吧。
山不在高,有仙则灵;水不在深,有龙则鸣。讲一个好的story,才能够更好的利用大数据,才能够发更好的文章!
后期将会整理一些蛋白质组学的常用软件,当然作为入门的菜鸟,还没能达到通过编程解决问题,希望大家一起交流,共同进步!

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发表于 2016-9-25 22:59:46 | 显示全部楼层
不错的套路,如果能进一步详实就套路更深了
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发表于 2016-9-26 23:02:41 | 显示全部楼层
经历过第一个套路,其实事实已经摆在那里了,看你怎么去解读。
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 楼主| 发表于 2016-9-27 16:34:47 | 显示全部楼层
dr.tanboyu 发表于 2016-9-25 22:59
不错的套路,如果能进一步详实就套路更深了

我也觉得是,慢慢再丰富一下,大神以后多指导啊!
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 楼主| 发表于 2016-9-27 16:35:51 | 显示全部楼层
Mint 发表于 2016-9-26 23:02
经历过第一个套路,其实事实已经摆在那里了,看你怎么去解读。

说的对!核心还是蛋白的分离,然后再鉴定。技术在革新,对解读的能力要求也会更高。
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