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发表于 2018-9-30 10:03:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
####写在前面:虽然这个包不是bioconduter包,但是我看了看板块,还是觉得放这里最合适。####
很简单介绍一下热图,通过参数的变化看图形的变化。

一:导入R包及需要画热图的数据
[mw_shl_code=python,true]library(pheatmap)
data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t")[/mw_shl_code]

二:画图
[mw_shl_code=python,true]1)pheatmap(data)#默认参数[/mw_shl_code]

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[mw_shl_code=python,true] 2)pheatmap(data,clustering_distance_rows = "correlation")#聚类线长度优化[/mw_shl_code]

2

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[mw_shl_code=python,true]3)pheatmap(data,scale="column")#按列均一化,"row","column" or "none"默认是"none"[/mw_shl_code]

3

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[mw_shl_code=python,true]4)pheatmap(data,scale="row")#按行均一化,"row","column" or "none"默认是"none"[/mw_shl_code]

4

4

[mw_shl_code=python,true]5)pheatmap(data,display_numbers=T,number_format="%.2f",number_color="red",fontsize_number=8)#是否在每一格上显示数据,及其数据格式,大小及其颜色[/mw_shl_code]

5

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[mw_shl_code=python,true]6)pheatmap(data,cellwidth = 50,cellheight= 14)#格子大小[/mw_shl_code]

6

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[mw_shl_code=python,true]7) pheatmap(data,main="sbheatmap")#标题[/mw_shl_code]

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[mw_shl_code=python,true]8)pheatmap(data,color = colorRampPalette(c("MediumBlue","white","red"))(256))#颜色[/mw_shl_code]

8

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[mw_shl_code=python,true]9)pheatmap(data,clustering_distance_rows = "correlation",scale="column",display_numbers=T,number_format="%.1f",number_color="black",
            fontsize_number=8,cellwidth = 14,cellheight= 14,color = colorRampPalette(c("MediumBlue","white","red"))(256))[/mw_shl_code]

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发表于 2018-10-8 11:26:42 | 显示全部楼层
请问管理员哪个热图函数可以在颜色映射上设置上下限或者很方便地自定义数据和颜色对应关系?我想让超过自定义的上限下限的数值对应同一个颜色,我现在每次都需要自己做一个color column来取代原始的value column。感觉挺麻烦的。
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