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[其他] 求一个python代码

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发表于 2018-9-30 14:25:34 | 显示全部楼层 |阅读模式
问题:有1个文件,我想让我文件中的第6列也是最后一列信息中的occurance中的数字相加并计算染色体前后10bp左右(第2列前10bp和第3列后10bp)的热点突变总次数,均加在该列中,以逗号分格即可,文件的格式见图片,哪位大神能帮帮忙,非常感谢,拜托!。

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发表于 2018-10-2 13:00:18 | 显示全部楼层
自己理解脚本需要解决两个问题;第一个问题是occurance中的数字相加,第二个问题是计算热点突变次数;如果没有理解错误的话,第一个问题我可以写一个简单的小脚本,第二个问题自己没有看明白,是否可以详细描述一下
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 楼主| 发表于 2018-10-9 09:10:34 | 显示全部楼层
牧羊的男孩儿 发表于 2018-10-2 13:00
自己理解脚本需要解决两个问题;第一个问题是occurance中的数字相加,第二个问题是计算热点突变次数;如果 ...

好的,第2个问题的意思是计算染色体前后10bp左右(第2列前10bp和第3列后10bp)发生的变异并计算总次数,总次数包括前后10bp左右发生的变异次数加上第1个问题中的occurance中的数字,谢谢了。
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发表于 2018-10-10 20:58:33 | 显示全部楼层
第一列是染色体号,先把同一染色体号的行挑出来,再把后面的occurance数值相加,就得到这个染色体的总数,是这个意思吗?
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 楼主| 发表于 2018-10-11 10:59:02 | 显示全部楼层
546397641 发表于 2018-10-10 20:58
第一列是染色体号,先把同一染色体号的行挑出来,再把后面的occurance数值相加,就得到这个染色体的总数, ...

不是的,不用挑选同一染色体号,问题1:只要将最后1列中的occurance次数相加即可,occurance代表的是在不同组织中发生疾病的次数。
问题2:是将第2列(即染色体的start)和第3列(即染色体的end),将start位置的前10bp和end位置的后10bp进行查找看有哪些突变点并计算发生的总次数(总次数包括染色体前后10bp突变发生的次数+本身那个点所发生的突变次数即问题1中的和)
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发表于 2018-10-12 15:45:18 | 显示全部楼层
第一个问题,选每一行然后使用正则找到occurance后面的数字,然后相加即可
第二个问题,起止位置前后10bp怎么查突变点,不明白?
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发表于 5 天前 | 显示全部楼层
第一个问题文件如果不大的话使用excel也可以解决,在excel中选择数据,自文本读入,分隔符分割,然后选中其他,在后面的空白处输入occurance=,就能够把后面的内容分割到一列,然后再将这一列单独保存到文本文件里,按照上一步的操作分隔符选择(,就能够把数字单独分割到一列
第二个问题还是没有看明白,可能自己的理解能力有些欠缺
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 楼主| 发表于 前天 10:54 | 显示全部楼层
第1个问题能贴下代码?我也学习一下,自己尝试做了一下没弄出来额,拜托
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