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[mRNA-seq] 问大家一个问题,WGCNA的hub gene 与基因差异表达分析的关系

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发表于 2018-10-3 18:09:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
转录组通常利用DESeq2找差异基因,如果WGCNA也是利用转录组相同的分组条件找出的hub gene,是不是可以替代DESeq2找差异基因,但是WGCNA找的hub gene,往往比DESeq2找的差异基因多,他们之间是不是可以求交集,关键不知道WGCNA的hub gene 与基因差异表达分析的关系,求高手指导一下



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发表于 2018-10-3 22:19:37 | 显示全部楼层
我个人觉得是可以取交集的。
WGCNA找hub genes利用的是基因表达的相关性,在这个框架下,具有高连通性的基因是HUB genes,他们的高连通性指的是共表达。但这些共表达的基因可以是差异表达的,也可以是非差异表达的,主要引申的含义是它们的表达趋势是一致的;
而DESeq2找的差异基因,需要进一步利用string寻找它们之间的蛋白相互作用,它们的高连通性指的是具有多个互作蛋白;
两者取交集后的基因应该是同时具有以下特性:
1,共表达;
2,差异表达;
3,相互作用;
个人考虑,不一定准确,供您参考
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 楼主| 发表于 2018-10-4 08:13:21 | 显示全部楼层
厉害呀,我是学生物的,很多代码能跑,但是公式不会推,导致许多结果,说不清楚,谢谢
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发表于 2018-10-5 13:15:21 | 显示全部楼层
取交集看看,只要能筛选到自己想要的基因,故事说得完整有新意就好,后面还要做验证
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发表于 2019-3-18 10:58:43 | 显示全部楼层
wly0410 发表于 2018-10-5 13:15
取交集看看,只要能筛选到自己想要的基因,故事说得完整有新意就好,后面还要做验证 ...

请教大神,筛选差异基因时,用的什么标准。 log2FC>=1, p_value <0.05, FDR值怎么确定呢?  还是说用其它的标准?
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发表于 2019-3-22 14:23:24 | 显示全部楼层
逊哥 发表于 2019-3-18 10:58
请教大神,筛选差异基因时,用的什么标准。 log2FC>=1, p_value

一般小于0.05
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发表于 2019-3-27 09:42:57 | 显示全部楼层
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