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癌症组织与癌旁组织的T细胞受体差异过大正常吗

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发表于 2018-10-10 09:30:44 | 显示全部楼层 |阅读模式
癌症组织与癌旁组织的T细胞受体差异过大正常吗



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发表于 2018-10-16 16:34:31 | 显示全部楼层
癌症组织和癌旁组织的测序结果里,能对应到TCR相关基因的reads数多么?太少不好做。
个人觉得,如果你的研究集中在TCR,TCR测序的结果更有针对性。从rna-seq数据里面找,总有使用的软件算法的偏向性在里面。
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 楼主| 发表于 2018-10-17 09:44:04 | 显示全部楼层
桂元酱 发表于 2018-10-16 16:34
癌症组织和癌旁组织的测序结果里,能对应到TCR相关基因的reads数多么?太少不好做。
个人觉得,如果你的研 ...

RNA得到的BCR有几万个,但是TCR只有几千或几百个。我们老师还是想让我用RNA,因为课题还涉及RNA的其他研究。我也在网上下载过TCR测序的数据,得到的TCR个数是很多,但是癌症组织与正常组织共有的TCR的百分比也是2%左右,您觉得这是正常现象吗
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发表于 2018-10-21 20:10:39 | 显示全部楼层
snower 发表于 2018-10-17 09:44
RNA得到的BCR有几万个,但是TCR只有几千或几百个。我们老师还是想让我用RNA,因为课题还涉及RNA的其他研 ...

我没做过癌症的免疫组库,没法回答这个问题。

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发表于 2018-10-21 20:33:09 | 显示全部楼层
就拼接出来的CDR3序列而言,我的实验组和对照组也没有什么相似性。
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 楼主| 发表于 2018-10-22 10:02:59 | 显示全部楼层
桂元酱 发表于 2018-10-21 20:33
就拼接出来的CDR3序列而言,我的实验组和对照组也没有什么相似性。

好的,谢谢您
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