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【求助贴】在使用MIXCR过程中遇到的一些问题,求大神解答...

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发表于 2018-10-12 10:07:47 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 snower 于 2018-10-16 11:59 编辑

我在NCBI里面下载了同一个肺癌病人的癌症组织和癌旁正常组织的RNA测序数据,打算利用MIXCR从中提取出TCR,再分析癌症与癌旁的异同。但是在分析过程中遇到了几个问题:
1、同一个病人,癌症与癌旁组织的TCR差异特别大,几乎找不到共性。我知道癌症组织会发生突变,但是不知道差异会不会这么大。这种差异特别大的情况是正常的吗?是由什么原因造成的呢?
2、导师一直都想让我利用RNA数据提取TCR,但是我自己也下载过TCR测序的数据,我发现由RNA测序得到的TCR仅仅是相对应的TCR测序得到的TCR中的一小部分。那么利用RNA测序研究TCR还有价值吗?
3、我在用MIXCR软件进行最后一步exportClones的时候,我想把每一种TCR都分开提取,命令:
    mixcr exportClones -c  TRD srr7818${i}_paired_rescued_2_extended.clns  srr${i}_TRD.txt
当我要提取TRD这条链的时候,我发现得到的文件与提取TRA链的文件相同,这个软件不能区分TRA与TRD,下载了最新版本的软件,还是这样的结果。大家有没有遇到过这种情况呢?是软件的bug,还是TRA和TRD本身就是同一种呢?
本人是小白,导师也是小白,实验室第一次做这种东西,很多都是靠着自己摸索。很多时候得到的结果都不知道对不对,查文献也查不到这么基础的东西。所以才到这里请教,希望大神可以帮忙解答,或者有什么可以恶补基础的资料书籍文献什么的都可以推荐给我,有偿也可以多谢大家~~~~~

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