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人类基因组各种版本对应关系

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发表于 2016-9-1 11:41:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
首先是NCBI对应UCSC,对应ENSEMBL数据库:
GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52.
GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75.
GRCh38 (hg38): ENSEMBL  release_76/77/78/80/81/82.
可以看到ENSEMBL的版本特别复杂!!!很容易搞混!
但是UCSC的版本就简单了,就hg18,19,38, 常用的是hg19,但是我推荐大家都转为hg38
看起来NCBI也是很简单,就GRCh36,37,38,但是里面水也很深!

Feb 13 2014 00:00    Directory April_14_2003
Apr 06 2006 00:00    Directory BUILD.33
Apr 06 2006 00:00    Directory BUILD.34.1
Apr 06 2006 00:00    Directory BUILD.34.2
Apr 06 2006 00:00    Directory BUILD.34.3
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Sep 04 2012 00:00    Directory BUILD.36.3
Jun 30 2011 00:00    Directory BUILD.37.1
Sep 07 2011 00:00    Directory BUILD.37.2
Dec 12 2012 00:00    Directory BUILD.37.3


可以看到,有37.1,   37.2,  37.3 等等,不过这种版本一般指的是注释在更新,基因组序列一般不会更新!!!
反正你记住hg19基因组大小是3G,压缩后八九百兆即可!!!
如果要下载GTF注释文件,基因组版本尤为重要!!!
对NCBI:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/H_sapiens/GFF/          ##最新版(hg38)
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/    ## 其它版本
对于ensembl:
ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz
变幻中间的release就可以拿到所有版本信息:ftp://ftp.ensembl.org/pub/
对于UCSC,那就有点麻烦了:
需要选择一系列参数:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables
1. Navigate to http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables
2. Select the following options:
clade: Mammal
genome: Human
assembly: Feb. 2009 (GRCh37/hg19)
group: Genes and Gene Predictions
track: UCSC Genes
table: knownGene
region: Select “genome” for the entire genome.
output format: GTF – gene transfer format
output file: enter a file name to save your results to a file, or leave blank to display results in the browser
3. Click ‘get output’.

现在重点来了,搞清楚版本关系了,就要下载呀!
UCSC里面下载非常方便,只需要根据基因组简称来拼接url即可:
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm9/bigZips/chromFa.tar.gz
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/chromFa.tar.gz
或者用shell脚本指定下载的染色体号:
for i in $(seq 1 22) X Y M;
do echo $i;
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr${i}.fa.gz;
## 这里也可以用NCBI的:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/M ... led_Chromosomes/chr前缀
done
gunzip *.gz
for i in $(seq 1 22) X Y M;
do cat chr${i}.fa >> hg19.fasta;
done
rm -fr chr*.fasta






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 楼主| 发表于 2016-9-1 11:47:17 | 显示全部楼层
这是生信数据分析人员必须了解的常识,只有了解了这些才能更精准的去下载研究物种的基因组和注释文件。
大家可以去做一些练习题啦
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