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[mRNA-seq] 小白在用WGCNA进行多组织样本的时候产生了一些疑问

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发表于 2018-10-17 20:47:15 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 tom 于 2018-10-17 21:10 编辑

WGCNA尤其适合运用于多样本的表达数据分析,挖掘基因与基因之间的关系,所以我现在有一批数据,共18个样本想拉来做一个WGCNA,样本组成为3个基因型,每个基因型都取了脑心肾三个器官,每个器官2个重复,2*3+2*3+2*3 。hisat2+htseqcount+deseq2常规流程提取出标准化后的表达矩阵,主成分分析PCA图探索一下数据: pca2.png pca.jpg
可以看出数据是严格按照器官分类的,所以既然样本的数据差异这么大,是否可以不用理会直接往下做WGCNA,做出来结果会不会不对?
我觉得应该控制变量,所以查了一下消除差异的均一化方法,我接下去用limma:RemoveBanchEffect这个消除批次差异命令来消除器官差异,PCA变成下面这样:
未标题-1.png
WT与突变基因型勉强分开,但是这样处理方式是否正确,往下就可以继续WGCNA分析了吗?有大神愿意指点迷津吗






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发表于 2019-4-27 17:31:11 | 显示全部楼层
同样有这样的疑问,请问楼主解决了吗?求助
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