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老师要求的基因组准确性评估的奇怪问题

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发表于 2018-10-17 20:47:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
我们测序组装了一个植物基因组,scaffold级别N50 有5.3M,BUSCO评估1440个植物基因 Complete达到83%。本来说质量已经可以了。我们同时还有该品种的重测序和转录组数据。但是在做某些基因时发现重测序比对到基因组的该基因区域基本没有reads,但是转录组数据却能回帖到这个基因。利用基因组的序列上的该基因CDS设计的cdna特异性引物,能跑出条带,并且测序序列和转录组的序列一致性很高。这就说明存在这个基因啊。但是重测序回帖不到这个基因很奇怪。
现在有两个问题
①是什么可能导致这种情况呢,重测序也是混样测序的啊,到底是基因组的问题还是重测序得问题,该信哪个数据呢?
②老师让我评估基因组的准确性,提了一嘴让我用SNP分布的一致性来让我评估基因组的准确性,我问他什么意思,他骂我让我自己查。我网上查了很久也没有用这种方法来评价基因组的准确性的啊,而且snp是用转录或者重测序数据比对到基因组得到的啊,怎么能利用snp位点来评测基因组得准确性呢?
有没有大神帮忙分析一下啊,满头包毫无头绪啊



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