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[mRNA-seq] 不同软件统计 AS events的结果为什么存在较大差异

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发表于 2018-10-24 14:03:22 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 AdaWon 于 2018-10-24 14:10 编辑

一直存在一个疑问,运行rMATS(V4.0.2)软件之后,会出现一些统计行,其中有对AS events的统计:
# ==========
# Done processing each gene from dictionary to compile AS events
# Found 41134 exon skipping events
# Found 2567 exon MX events
# Found 14232 alt SS events
# There are 8814 alt 3 SS events and 5418 alt 5 SS events.
# Found 6651 RI events
# ==========
而使用其他软件(AStalavista web/suppa2/...:输入文件GTF文件)统计AS events 数目与此软件的统计结果差异非常大。

以下是一些文献的分析统计结果:基本是RI类型占比多,而在rMats的统计结果中,RI类型基本很少。
- Unveiling the complexity of the maize transcriptome by single-molecule long-read sequencing:https://www.nature.com/articles/ncomms11708


- A high quality Arabidopsis transcriptome for accurate transcript-level analysis of alternative splicing: https://academic.oup.com/nar/article/45/9/5061/3603319









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发表于 2018-10-27 10:49:32 | 显示全部楼层
GTF是自己组装注释的吗,还是已知的?  感觉两个软件的输入文件,差距比较大,不太好比较。
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