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[coding] one liner 和 sh file

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发表于 2018-11-5 12:23:21 | 显示全部楼层 |阅读模式
这个 oneliner,直接输入运行完好,  
ls *1.fastq | while read id ; do ~/FastQC/fastqc $id; done

但是我想做一个 fastqc.sh文件,再用 qsub 来运行
结果没法运行。请问这是怎么回事?如何解决?多谢啦!

fastqc.sh

#! /bin/bash
ls *1.fastq | while read id ; do ~/FastQC/fastqc $id; done
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发表于 2018-11-14 12:46:06 | 显示全部楼层
fastqc需要全路径,qsub投递到节点就找不到你的home目录了

ls *1.fastq | while read id ; do /home/user/FastQC/fastqc $id; done
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 楼主| 发表于 2018-12-2 18:10:39 | 显示全部楼层
本帖最后由 fruitzebra 于 2018-12-2 18:16 编辑

我按照你的建议重现run了一遍,发现还是不行
qsub -cwd -V -pe smp 8 -l mem_requested=32G fastqc.sh

cat fastqc.sh.e1368480
while: Expression Syntax.

cat fastqc.sh.o1368480
Warning: no access to tty (Bad file descriptor).
Thus no job control in this shell.

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