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[other] 问问高手两个WGCNA的问题

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发表于 2018-11-13 23:18:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
我有两组样本(control,STZ-treated),高手帮我看看我的表型分组对不对,我输入R程序的临床表型的数据如下:这样数据输入后,在Module-trait relationships热图里,得到的是conrol-STZ_treated对比后的结果(比如差异分析),还是只是单独1对应的样本分析结果(比如:我下图的分组,分别得到control和STZ-treated的结果)?另外,如果是两组数据对比后的结果如何输入临床数据?因为教程里是一组样本对应的不同表型,现在,我的数据是两组比对的数据。     
另外,我网站大神视频里看到,wgcna能替代差异分析(数据分组越多越方便),但是WGCNA的结果往往比差异分析的gene多很多呀?它怎么体现gene的差异呢?
        control        STZ-treated
sample1        1        0
sample2        1        0
sample3        1        0
sample4        1        0
sample5        1        0
sample6        1        0
sample7        1        0
sample8        1        0
sample9        1        0
sample10        1        0
sample11        0        1
sample12        0        1
sample13        0        1
sample14        0        1
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sample17        0        1
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发表于 2018-11-22 19:20:48 | 显示全部楼层
这个应该不用设置两个变量的, 比如只保留第一列, 然后不同的临床性状用不同数字表示。参考https://www.biostars.org/p/293281/
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 楼主| 发表于 2018-11-26 19:45:01 | 显示全部楼层
CHANGYU_YI 发表于 2018-11-22 19:20
这个应该不用设置两个变量的, 比如只保留第一列, 然后不同的临床性状用不同数字表示。参考https://www.bi ...

谢谢,真感谢!
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