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[R] 小洁详解《R数据科学》--第20章 R Markdown

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发表于 2018-11-26 14:35:23 | 显示全部楼层 |阅读模式
1.简介
R Markdown 集成代码、输出结果和文本注释、可重复,支持多种输出形式,包括 PDF、Word、幻灯片等。
有的人关注的重点是代码运行的结果或结论,而不是代码本身,所以可重复性很重要。
2.基础
R markdown组成部分:YAML文件头、R代码段、文本。
输出/生成文件:
(1)rmarkdown::render("try.Rmd") 这里替换成自己的Rmd文件
(2)Knit 或快捷键ctrl+shift+K
3.markdown
主要的有:
  • 文字格式
    • 加粗
    • 倾斜
    • 行内代码
    • 上标
  • 标题
  • 有序、无序列表
  • 链接和图片
  • 表格

    4.Rmarkdown组成部分—代码段(1)名称代码段名称写在{ }里。名称和r之间要加空格
    使用代码段生成的主要对象来命名(2)选项(3)将tibble输出显示为表格:(4)缓存适用情况:每次生成文档时都是从头开始,有的代码段运行时间太长,没次重新生成都很慢。
    解决方法:①使用缓存(cache=TRUE),代码不变则使用缓存,代码改变则重新运行。缺点是只检查代码而不检查依赖关系。
    ②随依赖的变量变化 cached = TRUE, dependson = “df”
    ③随外部文件变化 cache.extra = file.info(“x.csv”)
    这个选项只要原文件发生了改变,缓存就会失效。
    ④清理缓存knitr::clean_cache()(5)全局设置knitr:pts_chunk$set() 括号里填写上面表格中的选项。(6)行内代码这里的大概意思就是说:行内的一些数字可以显示为代码运行结果,设置小数点位数、大数字每三位加一个逗号,更加易读。
    comma <- function(x) format(x, digits = 2, big.mark = ",")
    —把这行代码加入到setup代码块里,只运行不显示
    然后行内代码写作`r comma(nrow(diamonds))`5.排错在引起问题的代码段中设置 error=TRUE,然后排查变量和代码是否有问题6.R Markdown组成部分—文件头文档参数让Rmarkdown具有更好的重复性,下次用到只需替换关键的变量,开头设置param :my_class : “suv”,代码中写的则是 params$my_class
    小本本记下来:
    批量生成多份同一模板不同参数的文件。
  • [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    knitr::kable(
    mtcars[1:5, ],
    caption = "A knitr kable."
    )

  • [AppleScript] 纯文本查看 复制代码
    rmarkdown::render(
    "fuel-economy.Rmd",
    params = list(my_class = "suv")
    )
    reports <- tibble(
    class = unique(mpg$class),
    filename = stringr::str_c("fuel-economy-", class, ".html"),
    params = purrr::map(class, ~ list(my_class = .))
    )
    report
    reports %>%
    select(output_file = filename, params) %>%
    purrr::pwalk(rmarkdown::render, input = "fuel-economy.Rmd")


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