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GSEA分析数据

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发表于 2018-11-27 08:55:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
请问我们做GSEA分析的时候是哪种数据好?1.比如TCGA,可以下载FPKM、FPKM-UQ、Count值,并且Count经R语言转化后的值,这四个值都是不一样,请问有哪种值做GSEA分析呢?

2.GEO数据库,有series_matrix值,和 CEL格式经R语言转换后的值,请问他们又是用哪个值?
谢谢。



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 楼主| 发表于 2018-11-30 20:47:36 | 显示全部楼层
这个论坛好冷清啊。
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发表于 2018-12-1 20:09:17 | 显示全部楼层
narutao 发表于 2018-11-30 20:47
这个论坛好冷清啊。

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发表于 2019-8-13 05:45:24 | 显示全部楼层
论坛不是冷清,这种问题应该能搜索到解决方案的,你要理解GSEA能用来干嘛,简单理解其中的原理,TCGA数据做完差异分析后,可以不用原始值也能做GSEA分析,在R中根据差异gene的倍数(logFC )排序,制作gene_list,具体什么是gene_list  上网自己搜索, Y叔的clusterprofile  以及enrichplot两个包能完美完成GSEA分析并绘制出发表级别的GSEA图片。网上有具体教程。
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