GSEA分析数据

narutao

请问我们做GSEA分析的时候是哪种数据好？1.比如TCGA，可以下载FPKM、FPKM-UQ、Count值，并且Count经R语言转化后的值，这四个值都是不一样，请问有哪种值做GSEA分析呢？

2.GEO数据库，有series_matrix值，和 CEL格式经R语言转换后的值，请问他们又是用哪个值？
谢谢。

narutao

这个论坛好冷清啊。

Lespremeto

narutao 发表于 2018-11-30 20:47
这个论坛好冷清啊。

去专门的板块

渊梦无痕

论坛不是冷清，这种问题应该能搜索到解决方案的，你要理解GSEA能用来干嘛，简单理解其中的原理，TCGA数据做完差异分析后，可以不用原始值也能做GSEA分析，在R中根据差异gene的倍数（logFC ）排序，制作gene_list，具体什么是gene_list  上网自己搜索， Y叔的clusterprofile  以及enrichplot两个包能完美完成GSEA分析并绘制出发表级别的GSEA图片。网上有具体教程。