如何进行基因组的两两比对或者一对多、多对多的比对

Sheng1982

各路大神早上好，

最近想做一些病原菌的检测，想找到针对该病原物的特异性核酸DNA位点。请问是否有方法或者软件可以直接对基因组进行两两比对或者一对多、多对多的比对？非常感谢！

wly0410

ClustalW2试试

xiangyu

比较基因组的话，可以用lastal软件，分别都与一个target比对，得到pairwise的maf格式，然后用multiz进行多物种合并。