R语言无法处理这个CEL文件数据。

narutao

R语言：> library(affyPLM)> library(affy)
> Data<-ReadAffy()
Error:
The affy package is not designed for this array type.
Please use either the oligo or xps package.
平台文件是：Platforms (1)         GPL17586        [HTA-2_0] Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0


无法读取。
根据提示应该是oligo or xps package.
请问那个大神有oligo package该语言怎么写啊？求指导啊。谢谢啊。

ant

ReadAffy()的括号里要写上你的数据文件内容。

narutao

ant 发表于 2018-12-14 15:53
ReadAffy()的括号里要写上你的数据文件内容。

不是吧。这个代码我用其他的文件都可以读取。这里提示的error应该是aff包不能处理这个文件吧。

ant

narutao 发表于 2018-12-14 17:17
不是吧。这个代码我用其他的文件都可以读取。这里提示的error应该是aff包不能处理这个文件吧。 ...

哈哈，我想了半天猜出来了：
你不输入文件名时，它会读取工作目录下的所有文件CEL文件，你以前是这样通过的。而当你的工作目录中没有CEL文件时，还这么不指定文件名和目录，那就出错了。
所以，你要么把工作目录用setwd()设置一下，要么在ReadAffy()的括号中输入文件名和路径。

narutao

ant 发表于 2018-12-14 17:40
哈哈，我想了半天猜出来了：
你不输入文件名时，它会读取工作目录下的所有文件CEL文件，你以前是这样通过 ...

你猜错了啊。我很多文件CEL格式都可以用这个affy包来读取，代码完全一样，但是 Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0平台处理的CEL格式文件都会提示这个错误。我在网上查了好像确实要oligo包，但是不会啊。

narutao

ant 发表于 2018-12-14 17:40
哈哈，我想了半天猜出来了：
你不输入文件名时，它会读取工作目录下的所有文件CEL文件，你以前是这样通过 ...

然后我找到了生信菜鸟团里发的一文。http://www.bio-info-trainee.com/1586.html。不知可否帮忙仔细看看帮忙把这个代码完善详细一点。


用oligo包来读取affymetix的基因表达芯片数据-CEL格式数据
Posted on 2016年4月23日
前面讲到affy处理的芯片平台是有限的，一般是hgu 95系列和133系列，[HuGene-1_1-st] Affymetrix Human Gene 1.1 ST Array这个平台虽然也是affymetrix公司的，但是affy包就无法处理 了，这时候就需要oligo包了！

oligo包是R语言的bioconductor系列包的一个，就一个功能，读取affymetix的基因表达芯片数据-CEL格式数据，处理成表达矩阵！！！


同理，我们也是要下载原始数据：一个例子：GSE48452

下载之后，解压到指定目录，就可以直接用oligo包啦！

geneCELs=list.celfiles('/path/GSE48452/cel_files/',listGzipped=T,full.name=T)
#用全路径，一般cel文件也是压缩包形式，没必要解压
affyGeneFS <- read.celfiles(geneCELs)  ##读取ｃｅｌ文件
geneCore <- rma(affyGeneFS, target = "core")　 ##这一步是normalization，会比较耗时
genePS <- rma(affyGeneFS, target = "probeset")
#两种normlization的方法，##一般我们会选择transcript相关的
## 这个芯片平台还需要自己把探针ID赋值给表达矩阵
featureData(genePS) <- getNetAffx(genePS, "probeset")
featureData(geneCore) <- getNetAffx(geneCore, "transcript")
## 探针ID还需要注释到基因ID，这里就不讲了！
处理之后得到的表达矩阵应该是与GEO官网的一致，大家可以自己对照检查一下：

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/s ... eries_matrix.txt.gz

ant

narutao 发表于 2018-12-19 15:27
然后我找到了生信菜鸟团里发的一文。http://www.bio-info-trainee.com/1586.html。不知可否帮忙仔细看看 ...

那你应该是需要装这些个包：
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("org.Hs.eg.db")
biocLite("hgu95av2.db")

详见http://www.bio-info-trainee.com/875.html

渊梦无痕

这个是很新平台的昂飞芯片，HTA2.0。如果想从原始数据开始处理，只能去昂飞官网下载TAC软件，转换为表达矩阵。不然的话，只能下载已经提供的表达矩阵。