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[data-quality-control] 求教:Combat校正因素该怎么填?

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发表于 2019-1-19 19:38:41 | 显示全部楼层 |阅读模式
小伙伴们,批次校正是校正的技术和平台原因吗?我现在的数据里有宫颈癌分组信息和hpv阳性阴性状态,校正的时候校正因素该用哪个呢?我主要研究的是分组的区别。champ.runCombat(myNorm,pd=pdata,variablename='hpv status:ch1')
[===========================]
[<< CHAMP.RUNCOMBAT START >>]
-----------------------------
<< Preparing files for ComBat >>
[Combat correction will be proceed with 454213 probes and 44 samples.]

<< Following Factors in your pd(sample_sheet.csv) could be applied to Combat: >>
<disease status:ch1>(factor):normal, cin3, NA, cancer
我把variablename设成'hpv status:ch1'时会提示另一个需要矫正;设成分组的时候提示hpv状态需要校正。这该怎么解决呢?
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