搜索
查看: 139|回复: 0

差异甲基化区域分析时提示na值怎么办?

[复制链接]

3

主题

3

帖子

45

积分

新手上路

Rank: 1

积分
45
发表于 2019-1-21 16:02:57 | 显示全部楼层 |阅读模式
ChAMP包运行差异甲基化区域分析时
myDMR<- champ.DMR(beta=myNorm,pheno=pdata$'disease status:ch1',compare.group=c("cancer","normal"),
                  arraytype="450K",method="ProbeLasso",
                  minProbes=7,adjPvalDmr=0.05,cores=3, meanLassoRadius=375,minDmrSep=1000,
                  minDmrSize=50,adjPvalProbe=0.05,Rplot=T,PDFplot=T,resultsDir=("./CHAMP_ProbeLasso/"))

提示
Error: subscript contains NAs
查看了myNorm和myDMP结果显示均为False
is.na(myNorm)     #判断myNorm有没有na值
is.na(myDMP)   #判断myDMP有没有na值

请教这个该怎么处理呢?是不是哪个参数设的不正确呢?  万分感谢回复的朋友



上一篇:求教:Combat校正因素该怎么填?
下一篇:执行R后报错,求解决!
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树    

GMT+8, 2019-2-21 22:52 , Processed in 0.028175 second(s), 26 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.