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ChAMP包运行差异甲基化区域分析时
myDMR<- champ.DMR(beta=myNorm,pheno=pdata$'disease status:ch1',compare.group=c("cancer","normal"),
arraytype="450K",method="ProbeLasso",
minProbes=7,adjPvalDmr=0.05,cores=3, meanLassoRadius=375,minDmrSep=1000,
minDmrSize=50,adjPvalProbe=0.05,Rplot=T,PDFplot=T,resultsDir=("./CHAMP_ProbeLasso/"))
提示
Error: subscript contains NAs
查看了myNorm和myDMP结果显示均为False
is.na(myNorm) #判断myNorm有没有na值
is.na(myDMP) #判断myDMP有没有na值
请教这个该怎么处理呢?是不是哪个参数设的不正确呢? 万分感谢回复的朋友
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