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TCGA数据新的下载方法

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发表于 2016-9-29 13:36:58 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 bioinfo.dong 于 2016-9-29 13:40 编辑

自2016年7月15日起,TCGA(The Cancer Genomic Atlas) DATA PORTAL不再提供数据服务,所有数据将转入GDC(Genomic Data Commons) DATA PORTAL (https://gdc-portal.nci.nih.gov/).
我们可以通过左边栏筛选所需的数据并添加进购物车进行下载。

GDC提供两种数据下载方式:
(1)对于少量数据,在购物车内点击download,选择cart可以直接下载购物车内的数据
(2)对于大量数据,从购物车中直接下载易出现错误。我们可以点击download下的manifest,然后利用GDC Transfer Tool (gdc-client),在Terminal内输入如下命令进行批量下载:
[Bash shell] 纯文本查看 复制代码
./gdc-client download -m manifest_xxx.txt

同时我们需要下载metadata进行clinical data与genotyping data的匹配。metadata存储在.json文件内,可以利用简单的Python或者perl脚本进行提取

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 楼主| 发表于 2016-9-30 11:46:45 | 显示全部楼层
missshy 发表于 2016-9-30 09:13
完美,楼主这个我也总结了一份,就不献丑了。
能不能分享一下下载后数据格式整理的流程什么的,互相交流下 ...

Thanks. 脚本正在整理,先放一部分上去,有问题和建议多多交流~
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发表于 2016-9-30 09:13:02 | 显示全部楼层
完美,楼主这个我也总结了一份,就不献丑了。
能不能分享一下下载后数据格式整理的流程什么的,互相交流下。
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发表于 2016-10-24 10:00:05 | 显示全部楼层
本帖最后由 ydchen 于 2016-10-24 10:01 编辑

如果都有了manifest_xxx.txt ,我何不自己写一个脚本来下载呢?
wget https://gdc-docs.nci.nih.gov/Dat ... n_MAFs_manifest.txt仔细再读读 https://gdc-docs.nci.nih.gov/  或许会有新的收获
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 楼主| 发表于 2016-10-25 01:06:19 | 显示全部楼层
ydchen 发表于 2016-10-24 10:00
如果都有了manifest_xxx.txt ,我何不自己写一个脚本来下载呢?
wget https://gdc-docs.nci.nih.gov/Dat .. ...

GDC has already provided the tool 'gdc-client' for downloading, what's the point of wasting your time on reventing wheels?
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发表于 2017-2-11 11:59:37 | 显示全部楼层
谢谢楼主的分享,学习了
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发表于 2017-2-22 17:37:05 | 显示全部楼层
谢谢,分享
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发表于 2017-4-23 13:09:34 | 显示全部楼层
TCGA数据库下载工具 GDC Data Transfer Tool 是不是没有W7 32位?官网看到的只有64位的,那系统32位的怎么破啊 求老师指教下  谢谢!!
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发表于 2017-6-6 12:01:29 | 显示全部楼层
miniaowai 发表于 2017-4-23 13:09
TCGA数据库下载工具 GDC Data Transfer Tool 是不是没有W7 32位?官网看到的只有64位的,那系统32位的怎么 ...

看了下github上的源代码,python来的。应该没有关系
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