搜索
查看: 685|回复: 0

[alignment] 建立进化树无相似基因对的疑问

[复制链接]

1

主题

2

帖子

38

积分

新手上路

Rank: 1

积分
38
发表于 2019-2-17 22:31:25 | 显示全部楼层 |阅读模式
最近遇到了一个非常棘手的进化树作业,发出来请各位大佬帮忙指点一二。

比如,我们要构建的进化树里有这么一条基因,结构域相对还算完整,在转录层面上也确认有表达。
但是很短,在clustal比对结果中相比其它基因的长度只有60%。

还有这么一条基因,结构域挺好,转录水平也挺好。
就是也很短,同样大概也就是60%多。

然后这两条基因没有交集,但各自与其他基因有非常一致的结构域。

可视化展示一下的话,大概是这样:
AAAAAAAAABCDEFGHIGKLMNABCDEFGHIGKLMNNNNNNNN
AAAAAAAAABCDEFGHIGKLMN-------------------------------------
-------------------------------------ABCDEFGHIGKLMNNNNNNNN
AAAAAAAAABCDEFGHIGKLMNABCDEFGHIGKLMNNNNNNNN

大致就是这么个意思,所有在上面展示出来的字母除了与其他序列可以匹配上以外不具有特殊意义。
然后在我按照比对-转格-建树这个基本流程尝试构建进化树的时候,被MEGA非常开心的通知了 “E4511 No common sites ”。
我欣喜的在MEGA的Q&A中看到了这条报错的解决办法,

Q9. How can I use MEGA with the error message "no common sites found for computing distance"?
You must identify which taxon has no common sites with others, and then remove them in order to continue your computing. Please follow this procedure to check the number of common sites between taxa:

1. Click Distances|Compute pairwise from the main menu
2. In the Analysis Preference window, select " L: No. of Valid Common Sites" from drop down for the option "Substitutions to Include"
3. Click "compute" button to get a matrix.

The number in the matrix indicates the number of common sites between sequences that are available for analysis. When this number is zero, there are no common sites. To get around this problem, you may want to eliminate some sequences. In addition, the use of the "Pairwise-Deletion" option for handling alignment gaps and missing data may also be employed.

这个办法看起来有点暴力,但没办法的时候也只能捏鼻子先试一试。
但是令我费解的是,在按照上述步骤点击了distances 打开了compute pairwise 找到了 L:no of valid commonsites compute 操作了一下之后,
我得到了一模一样的报错提示,这实在是太郁闷了,解决错误的方法带来了一模一样的错误,但我应该完全按照这个Q&A上描述的步骤执行了。


所以,我有两件事要求助并请教树友们。
1.我能不能在不舍弃任何一条序列的情况下,给上述例子的基因们构建一个进化树
2.如果不得不舍弃一些序列,我该怎么按照Q&A或者其它方法来确认该舍弃的序列。

谢谢大家!顺便祝大家新年快乐!
回复

使用道具 举报

您需要登录后才可以回帖 登录 | 立即注册

本版积分规则

QQ|手机版|小黑屋|生信技能树 ( 粤ICP备15016384号  

GMT+8, 2019-10-21 09:18 , Processed in 0.027289 second(s), 27 queries .

Powered by Discuz! X3.2

© 2001-2013 Comsenz Inc.